רצף שברים מוגבר של לוקוס ספציפי (SLAF-SEQ)
זרימת עבודה
תוכנית טכנית
תכונות שירות
● רצף ב- NovaseQ עם PE150.
● הכנת הספריה עם ברקוד כפול, המאפשרת איגום של למעלה מ 1000 דגימות.
● ניתן להשתמש בטכניקה זו עם או בלי גנום התייחסות, עם צינורות ביו -אינפורמטיים שונים לכל מקרה:
עם הגנום התייחסות: SNP ו- Indel גילוי
ללא הגנום התייחסות: אשכולות מדגמים וגילוי SNP
● בבסיליקושילובי אנזים של הגבלה מרובה שלב לפני העיצוב מוקרנים כדי למצוא את אלה המייצרים התפלגות אחידה של תגים סלפים לאורך הגנום.
● במהלך הניסוי, נבדקים שלושה שילובי אנזים בשלוש דגימות ליצירת 9 ספריות סלף, ומידע זה משמש לבחירת שילוב האנזים ההגבלה האופטימלי לפרויקט.
יתרונות שירות
●גילוי סמן גנטי גבוה: שילוב מערכת ברקוד כפולה בתפוקה גבוהה מאפשרת רצף בו זמנית של אוכלוסיות גדולות, והגברה ספציפית של לוקוס משפרת את היעילות, מה שמבטיח שמספרי התגים עומדים בדרישות המגוונות של שאלות מחקריות שונות.
● תלות נמוכה בגנום: ניתן ליישם אותו על מינים עם או בלי גנום התייחסות.
●עיצוב תכניות גמישות: אנזים יחיד, אנזים כפול, עיכול רב-אנזים, וסוגים שונים של אנזימים ניתן לבחור כולם כדי לספק יעדי מחקר או מינים שונים. THEבסיליקועיצוב מראש מתבצע כדי להבטיח עיצוב אנזים אופטימלי.
● יעילות גבוהה בעיכול אנזימטי: הולכה שלבסיליקועיצוב מקדים ומחישה לפני ניסוי הבטיחו תכנון אופטימלי עם חלוקה אחידה של תגים סלפים בכרומוזום (1 TAG SLAF/4KB) והפחתת רצף החוזר על עצמו (<5%).
●מומחיות נרחבת: הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט, עם רקורד של סגירת מעל 5000 פרויקטים של Slaf-Seq על מאות מינים, כולל צמחים, יונקים, ציפורים, חרקים ואורגניזמים מימיים.
● זרימת עבודה ביו-אינפורמטית מפותחת בעצמה: BMKGENE פיתח זרימת עבודה ביו-אינפורמטית משולבת עבור SLAF-SEQ כדי להבטיח את האמינות והדיוק של התפוקה הסופית.
מפרטי שירות
| סוג ניתוח | סולם האוכלוסייה המומלץ | אסטרטגיית רצף | |
| עומק רצף התגים | מספר תג | ||
| מפות גנטיות | 2 הורים ו> 150 צאצאים | הורים: 20X WGS Offsping: 10x | גודל הגנום: <400 מגה בייט: WGS מומלץ <1GB: 100K תגיות 1-2GB :: 200K תגיות > 2GB: 300K תגיות תגיות מקסימום 500K |
| מחקרי אגודות רחבי גנום (GWAS) | ≥200 דגימות | 10x | |
| התפתחות גנטית | ≥30 דגימות, עם> 10 דגימות מכל תת -קבוצה | 10x | |
דרישות שירות
ריכוז ≥ 5 ng/μl
הסכום הכולל ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
ג'ל אגרוזה: השפלה או זיהום מוגבלים או מוגבלים
משלוח מדגם מומלץ
מכולה: צינור צנטריפוגה 2 מ"ל
(עבור מרבית הדגימות אנו ממליצים לא לשמור באתנול)
תיוג לדוגמא: יש לתייג את הדגימות בבירור וזהות לטופס מידע מדגם שהוגש.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז תחילה דגימות בשקיות ולקבור בקרח יבש.
זרימת עבודה של שירות
מדגם QC
ניסוי טייס
ניסוי סלפי
הכנת הספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
כולל את הניתוח הבא:
- נתוני רצף QC
- פיתוח תגים סלפי
מיפוי להתייחסות לגנום
ללא גנום התייחסות: אשכול
- ניתוח תגיות סלף: סטטיסטיקה, הפצה על פני הגנום
- גילוי סמן: SNP, אינדל, SNV, CV CARK והערה
חלוקת תגיות סלף בכרומוזומים:
התפלגות SNP על כרומוזומים:
ביאור SNP
| שָׁנָה | כְּתַב הָעֵת | IF | כּוֹתֶרֶת | יישומים |
| 2022 | תקשורת טבע | 17.694 | בסיס גנומי של כרומוזומי הגיגה והגיגה-גנום של אדמונית העץ Paeonia ostii | סלף-גוואז |
| 2015 | פיטולוג חדש | 7.433 | טביעות רגל מביות עוגנות אזורים גנומיים בעלי חשיבות אגרונומית ב פולי סויה | סלף-גוואז |
| 2022 | כתב העת למחקר מתקדם | 12.822 | עקיצות מלאכותיות רחבות גנום של גוסיפיום ברבדנס לג 'הירסוטום לחשוף לוקוסים מעולים לשיפור בו זמנית באיכות סיבי הכותנה והתשואה תכונות | גנטיקה אבולוציונית SLAF |
| 2019 | צמח מולקולרי | 10.81 | ניתוח גנומי באוכלוסייה ומכלול דה נובו חושפים את מקורו של ווידי אורז כמשחק אבולוציוני | גנטיקה אבולוציונית SLAF |
| 2019 | גנטיקה של טבע | 31.616 | רצף גנום ומגוון גנטי של הקרפיון הנפוץ, קפרינוס קרפיו | מפת קישור SLAF |
| 2014 | גנטיקה של טבע | 25.455 | הגנום של בוטנים מעובדים מספק תובנה על קריוטיפים קטניות, פוליפלואיד אבולוציה וביות יבול. | מפת קישור SLAF |
| 2022 | כתב העת Biotechnology צמח | 9.803 | זיהוי ST1 חושף בחירה הכוללת טרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך ביות סויה | פיתוח סלפי-סמן |
| 2022 | כתב העת הבינלאומי למדעי מולקולריות | 6.208 | זיהוי ופיתוח סמן DNA עבור חיטה-ליימוס מוליס 2NS (2D) החלפת כרומוזומים לאומיקים | פיתוח סלפי-סמן |
| שָׁנָה | כְּתַב הָעֵת | IF | כּוֹתֶרֶת | יישומים |
| 2023 | גבולות במדעי הצומח | 6.735 | מיפוי QTL וניתוח טרנסקריפטום של תכולת הסוכר במהלך הבשלת הפירות של פירוס פירוליה | מפה גנטית |
| 2022 | כתב העת Biotechnology צמח | 8.154 | זיהוי ST1 מגלה בחירה הכוללת טרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך ביות סויה
| שיחות SNP |
| 2022 | גבולות במדעי הצומח | 6.623 | מיפוי אסוציאציות רחב גנום של גליזות בקושי פנוטיפים בסביבת הבצורת.
| גוואס |
