רצף RNA של גרעינים יחיד
תוכנית טכנית
הבידוד של גרעינים מושג על ידי 10 × Genomics Chromium ™, המורכב מערכות מיקרו-פלואידיקה של שמונה ערוצים עם מעברים כפולים. במערכת זו, חרוזי ג'ל עם ברקודים ופריימר, אנזימים וגרעין יחיד מכוסים בירידת שמן בגודל ננוליטר, ומייצרים חרוז ג'ל-אמיזציה (פנינה). לאחר יצירת פנינה, תמונת תאים ושחרור ברקודים מבוצעים בכל פנינה. mRNA מועבר הפוך למולקולות cDNA עם 10 × ברקודים ו- UMI, אשר כפופים עוד יותר לבניית ספריית רצף סטנדרטית.
תכונות
● הכנת השעיית נוקלי יחיד מרקמות קפואות
● היווצרות חרוז ג'ל-א ב ב בגרם (GEM) ואחריה סינתזת cDNA
● כל חרוז באבני חן עמוס בפריימרים המורכבים מ -4 חלקים:
זנב פולי (DT) לתחום mRNA וסינתזת cDNA,
מזהה מולקולרי ייחודי (UMI) לתיקון הטיית הגברה
ברקוד 10x
רצף מחייב של פריימר רצף קריאה חלקית 1
יתרונות
רצף RNA של גרעין יחיד עוקף את המגבלות של רצף RNA של תאים יחיד, מה שמאפשר:
● שימוש בדגימות קפואות ולא רק מוגבל לדגימות טריות
● לחץ נמוך של תאים קפואים בהשוואה לטיפול אנזימטי בתאים טריים, המשתקף בנתוני הטרנסקריפטום בצורה של פחות גנים הנגרמים על ידי לחץ
● אין צורך בהסרה מוקדמת של תאי דם אדומים
● קוטר התא ללא הגבלה
● מערך גדול של דגימות הזכאות לניתוח, כולל סוגי רקמות מורכבות ושבריריות המועדות לגוש תאים או להרס במהלך ניתוק הרקמות
דגימות שלא ניתן לנתח על ידי רצף RNA של תאים יחידה והן זכאיות לרצף RNA של גרעינים בודדים:
| תא / רקמה | לְנַמֵק |
| רקמות קפואות לא פרושות | לא ניתן להשיג ארגונים טריים או ארוכים |
| תא שרירים, מג'קריוציט, שומן ... | קוטר התא גדול מכדי להיכנס למכשיר |
| כָּבֵד… | שברירי מדי לשבירה, לא מסוגל להבחין בתאים בודדים |
| תא נוירון, מוח ... | רגיש יותר, קל ללחץ, ישנה את תוצאות הרצף |
| לבלב, בלוטת התריס ... | עשיר באנזימים אנדוגניים, המשפיע על ייצור השעיית תאים יחידים |
גרעין יחיד לעומת תאי יחיד
| גרעין יחיד | תא יחיד |
| קוטר התא ללא הגבלה | קוטר התא: 10-40 מיקרומטר |
| החומר יכול להיות קפוא רקמות | החומר חייב להיות רקמה טרייה |
| לחץ נמוך של תאים קפואים | טיפול באנזים עלול לגרום לתגובת לחץ תאים |
| אין להסיר תאי דם אדומים | יש להסיר תאי דם אדומים |
| גרעין מבטא מידע ביו -אינפורמציה | התא כולו מבטא מידע ביו -אינפורמציה |
מפרט
| דרישות לדוגמא | סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| רקמת בעלי חיים ≥ 200 מ"ג רקמת צמח ≥ 400 מ"ג | ספריית 10x Genomics SN cDNA | Illumina PE150 | 100K PE קוראים לתא (100-200 GB) | 700-1200 גרעינים/μL ושלמות גרעינים שנצפתה תחת מיקרוסקופ |
לפרטים נוספים על הדרכת הכנת הדגימה וזרימת העבודה של שירות, אנא אל תהסס לדבר עם אמומחה BMKGENE
זרימת עבודות שירות
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות: מספר התאים, איתור גנים, זיהוי מדויק של תאים, מולקולות RNA וכימות ביטוי
● ניתוח מדגם פנימי:
אשכול תאים והערה על אשכול
ניתוח ביטוי דיפרנציאלי: זיהוי DEGs באשכולות
ביאור פונקציונלי והעשרה של אשכול DEGS
● ניתוח בין קבוצות:
שילוב של נתונים
ניתוח ביטוי דיפרנציאלי: זיהוי DEGs בקבוצות
ביאור פונקציונלי והעשרה של DEGs קבוצתיים
● ניתוח מתקדם:
ניתוח מחזור תאים
ניתוח Pseudotime
ניתוח תקשורת תאים (CellPhonedB)
ניתוח העשרה של גנים (GSEA)
ניתוח מדגם פנימי
אשכול תאים:
ניתוח ביטוי דיפרנציאלי: אשכול DEGS
ניתוח בין קבוצות
ניתוח ביטוי דיפרנציאלי: קבוצות DEGS
ניתוח מתקדם:
ניתוח Pseudotime:
ניתוח מחזור תאים:
חקור את ההתקדמות המאפשרת שירותי רצף RNA של גרעין יחיד של BMKGene על ידי Chromium 10x בפרסומים המוצגים הללו:
Wang, L. et al. (2021) 'ניתוח טרנסקריפטומי חד-תאי מגלה את הנוף החיסוני של הריאה בהחמרת אסטמה עמידה בסטרואידים',המשך האקדמיה הלאומית למדעים של ארצות הברית של אמריקה, 118 (2), עמ '. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'רשת רגולטורית עולמית לביטוי גנים לא מוסדר ואיתות מטבולי לא תקין בתאי חיסון במיקרו -סביבה של מחלת גרייבס ובלוטת התריס של האשימוטו',גבולות באימונולוגיה, 13, עמ '. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
טיאן, ה. ואח '. (2023) 'טרנסקריפטום של תאים יחיד מגלה הטרוגניות ותגובות חיסוניות של לויקוציטים לאחר חיסון עם אדוארדוארדאלה לא מופעלת בפלונדר (Paralichthys olivaceus)',חקלאות חקלאית, 566, עמ '. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) 'טיפול פוטודינמי משפר את התוצאה של מעכבי מחסום חיסוני באמצעות שיפוץ חסינות נגד גידולים בקרב חולים עם סרטן קיבה',סרטן קיבה, 26 (5), עמ '798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/מדדים.
