Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) הופיע כחלופה חסכונית ויעילה לרצף Bisulfite Whole Genome (WGBS) בחקר מתילציה של DNA. בעוד ש-WGBS מספקת תובנות מקיפות על ידי בחינת הגנום כולו ברזולוציית בסיס בודד, העלות הגבוהה שלו יכולה להיות גורם מגביל. RRBS מפחית אסטרטגית את האתגר הזה על ידי ניתוח סלקטיבי של חלק מייצג מהגנום. מתודולוגיה זו מסתמכת על העשרה של אזורים עשירים באי CpG על ידי מחשוף MspI ואחריו בחירת גודל של שברי 200-500/600 bps. כתוצאה מכך, רק אזורים קרובים לאיי CpG מסודרים, בעוד אלו עם איי CpG מרוחקים אינם נכללים בניתוח. תהליך זה, בשילוב עם רצף ביסולפיט, מאפשר זיהוי ברזולוציה גבוהה של מתילציה של DNA, וגישת הריצוף, PE150, מתמקדת במיוחד בקצוות של התוספות ולא באמצע, ומגבירה את היעילות של פרופיל מתילציה. ה-RRBS הוא כלי שלא יסולא בפז המאפשר מחקר מתילציה של DNA חסכוני ומקדם ידע על מנגנונים אפיגנטיים.
תכונות שירות
● דורש גנום ייחוס.
● Lambda DNA משמש לניטור יעילות ההמרה של ביסולפיט.
● יעילות העיכול של MspI מנוטרת גם היא.
● עיכול אנזים כפול לדגימות צמחים.
● רצף על Illumina NovaSeq.
יתרונות השירות
●חלופה חסכונית ויעילה ל-WGBS: המאפשר לבצע את הניתוח בעלות נמוכה יותר ועם דרישות מדגם נמוכות יותר.
●פלטפורמה מלאה:לספק שירות מעולה חד פעמי מעיבוד דוגמאות, בניית ספרייה ורצף ועד לניתוח ביואינפורמטיקה.
●מומחיות רבה: עם פרויקטי רצף RRBS שהושלמו בהצלחה על פני מגוון מגוון של מינים, BMKGENE מביאה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
מפרט שירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ספרייה מעוכלת ומטופלת ב-Bisulfit | Illumina PE150 | 8 ג'יגה-בייט | Q30 ≥ 85% המרת ביסולפיט > 99% יעילות חיתוך MspI > 95% |
דרישות לדוגמא
| ריכוז (ng/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) |
| |
| DNA גנומי | ≥ 30 | ≥ 1 | השפלה או זיהום מוגבלים |
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות רצף גולמי;
● מיפוי לגנום הפניה;
● זיהוי בסיסים מתילטים 5mC וזיהוי מוטיבים;
● ניתוח התפלגות מתילציה והשוואת דגימות;
● ניתוח של אזורי מתיל דיפרנציאליים (DMRs);
● ביאור פונקציונלי של גנים הקשורים ל-DMRs.
בקרת איכות: יעילות עיכול (במיפוי הגנום)
בקרת איכות: המרת ביסולפיט (במיצוי מידע מתילציה)
מפת מתילציה: 5mC מתילציה הפצה רחבה של הגנום
השוואה לדוגמה: ניתוח רכיבים עיקריים
ניתוח אזורי מתיל דיפרנציאליים (DMRs): מפת חום
חקור את ההתקדמות המחקרית שבוצעה על ידי שירותי ריצוף הביסולפיט של הגנום כולו של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים אוצרת.
לי, ז' ועוד. (2022) 'תכנות מחדש בנאמנות גבוהה לתאים דמויי Leydig על ידי הפעלת CRISPR וגורמים פרקריניים',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
טיאן, H. et al. (2023) 'ניתוח מתילציה של דנ"א רחבה של הרכב הגוף בתאומים מונוזיגוטים סיניים',כתב העת European Journal of Clinical Investigation, 53(11), עמ'. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'מתילציה של DNA ויחס מותניים לירכיים: מחקר אסוציאציה רחב אפיגנום בתאומים מונוזיגוטים סיניים',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), עמ' 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
