רצף RNA פרוקריוטי
תכונות
● עיבוד מדגם RNA כרוך בדלדול rRNA ואחריו הכנת ספריית RNA כיוונית.
● ניתוח ביו -אינפורמטי המבוסס על יישור לגנום התייחסות
● ניתוח כולל ביטוי גנים ו- DEGs אך גם מבנה תמלול וניתוח sRNA
יתרונות שירות
●בקרת איכות קפדנית: אנו מיישמים נקודות בקרת ליבה בכל השלבים, החל מהכנת מדגם וספריה ועד רצף וביואינפורמטיקה. ניטור קפדני זה מבטיח מסירת תוצאות באיכות גבוהה בעקביות.
●נתוני רצף ספציפיים לסטנדרט: בגלל שהכנת ספריית ה- RNA היא כיוונית, מה שמאפשר זיהוי של תמלילים נגד חוש.
●ניתוח מלא המותאם לתמלול פרוקריוטי: הצינור הביואינפורמטי כולל לא רק ניתוח של ביטוי הגנים אלא גם ניתוח של מבנה התמלול, כולל זיהוי אופרונים, UTRS ומקדמים. זה כולל גם ניתוח של sRNAs, כלומר הערה וחיזוי של מבנה ויעדים משניים.
●תמיכה לאחר מכירה: המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
דרישות לדוגמא ומסירה
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| rRNA ספרייה כיוונית | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
דרישות לדוגמא:
| Conc. (Ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA המוצג בג'ל. | Rin ≥6.5 |
משלוח מדגם מומלץ
מכולה: צינור צנטריפוגה של 2 מ"ל (נייר כסף לא מומלץ)
תיוג לדוגמא: קבוצה+שכפול למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור בקרח יבש.
2. צינורות רנסטליים: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל Rnastable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודות שירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
זרימת עבודה של ניתוח ביו -אינפורמטי
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמית
● יישור לגנום ההתייחסות
● הערכת איכות הספרייה: אקראיות פיצול RNA, הגודל הכנס ורוויה רצף
● הערה תפקודית של גנים קידוד חזויים
● ניתוח ביטוי: מתאם וניתוח רכיבים עיקריים (PCA)
● ביטוי גנים דיפרנציאלי (DEGS)
● הערה והעשרה פונקציונלית של DEGS
● ניתוח sRNA: חיזוי, ביאור, יעד ומבנה משני חיזוי
● ניתוח מבנה תמלול: אופרונים, עמדות התחלה וסיום, אזור לא מתורגם (UTS), מקדם וניתוח SNP/Indel
רצף רוויה
ביאור פונקציונלי של גנים קידוד
מתאם בין דגימות
ניתוח גנים מבוטאים דיפרנציאליים (DEGS)
ניתוח העשרה פונקציונלי
ביאור sRNA
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי רצף mRNA באורך מלא של BMKGene באורך מלא בפרסום זה.
גואן, CP et al. (2018) 'שינויי טרנסקריפטום גלובליים של Staphylococcus epidermidis המייצרים ביו-פילם המגיבים לסך האלקלואידים של סופוריאה אלופקרוידס',כתב העת הפולני למיקרוביולוגיה, 67 (2), עמ '. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
