-
BMKMANU S3000_תעתיק מרחבי
תעתיק מרחבי עומד בחזית החדשנות המדעית, ומאפשרת לחוקרים להתעמק בדפוסי ביטוי גנים מורכבים בתוך רקמות תוך שמירה על ההקשר המרחבי שלהן. בין פלטפורמות שונות, BMKGene פיתחה את שבב BMKManu S3000 Spatial Transcriptome, המתגאה ברזולוציה מוגברת של 3.5 מיקרומטר, מגיע לטווח התת-תאי ומאפשר הגדרות רזולוציה מרובת רמות. שבב S3000, הכולל כ-4 מיליון נקודות, משתמש בארות מיקרו בשכבות חרוזים עמוסים בבדיקות לכידה עם ברקוד מרחבי. ספריית cDNA, מועשרת בברקודים מרחביים, מוכנה מהשבב S3000 ובהמשך רצף בפלטפורמת Illumina NovaSeq. השילוב של דגימות ברקוד מרחביות ו-UMIs מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרו. שבב BMKManu S3000 הוא רב-תכליתי ביותר, ומציע הגדרות רזולוציה מרובות רמות שניתן לכוונן עדין לרקמות שונות ולרמות פירוט רצויות. יכולת הסתגלות זו מציבה את השבב כבחירה יוצאת מן הכלל למחקרי תעתיק מרחביים מגוונים, ומבטיחה צבירת מרחב מדויקת עם מינימום רעש. השימוש בטכנולוגיית פילוח תאים עם BMKManu S3000 מאפשר תיחום של נתוני תעתיק לגבולות התאים, וכתוצאה מכך ניתוח בעל משמעות ביולוגית ישירה. יתר על כן, הרזולוציה המשופרת של S3000 גורמת למספר גבוה יותר של גנים ו-UMIs שזוהו בכל תא, מה שמאפשר ניתוח הרבה יותר מדויק של דפוסי התעתיק המרחביים והתקבצות של תאים.
-
רצף RNA יחיד גרעיני
הפיתוח של לכידת תא בודד וטכניקות בניית ספרייה מותאמות אישית, יחד עם רצף תפוקה גבוהה, חוללו מהפכה במחקרי ביטוי גנים ברמת התא. פריצת דרך זו מאפשרת ניתוח עמוק ומקיף יותר של אוכלוסיות תאים מורכבות, התגברות על המגבלות הקשורות בממוצע של ביטוי גנים על כל התאים ושמירה על ההטרוגניות האמיתית בתוך אוכלוסיות אלו. בעוד שלרצף RNA חד-תא (scRNA-seq) יש יתרונות שאין להכחישה, הוא נתקל באתגרים ברקמות מסוימות שבהן יצירת השעיה חד-תא מתגלה כקשה ודורשת דגימות טריות. ב-BMKGene, אנו מטפלים במכשול זה על ידי הצעת רצף RNA חד-גרעיני (snRNA-seq) באמצעות טכנולוגיית 10X Genomics Chromium החדישה ביותר. גישה זו מרחיבה את הספקטרום של דגימות הניתנות לניתוח טרנסקריפטום ברמת תא בודד.
הבידוד של הגרעינים מתבצע באמצעות שבב 10X Genomics Chromium החדשני, הכולל מערכת מיקרו-נוזלים בת שמונה ערוצים עם מעברים כפולים. בתוך מערכת זו, חרוזי ג'ל המשלבים ברקודים, פריימרים, אנזימים וגרעין בודד מוקפים בטיפות שמן בגודל ננוליטר, ויוצרים חרוז ג'ל בתחליב (GEM). לאחר היווצרות GEM, תמוגה תאים ושחרור ברקוד מתרחשים בתוך כל GEM. לאחר מכן, מולקולות mRNA עוברות שעתוק הפוך ל-cDNA, תוך שילוב 10X ברקודים ומזהים מולקולריים ייחודיים (UMI). cDNAs אלה נתונים לאחר מכן לבניית ספריית רצף סטנדרטית, מה שמאפשר חקירה חזקה ומקיפה של פרופילי ביטוי גנים ברמת תא בודד.
פלטפורמה: 10× Genomics Chromium ו-Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Transcriptome מרחבי
Transcriptomics מרחבי היא טכנולוגיה חדשנית המאפשרת לחוקרים לחקור דפוסי ביטוי גנים בתוך רקמות תוך שמירה על ההקשר המרחבי שלהן. פלטפורמה חזקה אחת בתחום זה היא 10x Genomics Visium יחד עם רצף Illumina. העיקרון של 10X Visium טמון על שבב מיוחד עם אזור לכידה ייעודי שבו ממוקמים קטעי רקמה. אזור לכידה זה מכיל כתמים עם ברקוד, כל אחד מהם מתאים למיקום מרחבי ייחודי בתוך הרקמה. לאחר מכן, מולקולות ה-RNA שנלכדו מהרקמה מסומנות במזהים מולקולריים ייחודיים (UMI) במהלך תהליך השעתוק ההפוך. נקודות ברקוד ו-UMI אלו מאפשרים מיפוי מרחבי וכימות מדויק של ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד. השילוב של דגימות ברקוד מרחביות ו-UMIs מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרו. באמצעות טכנולוגיית Transcriptomics מרחבית זו, החוקרים יכולים להשיג הבנה מעמיקה יותר של הארגון המרחבי של תאים ושל האינטראקציות המולקולריות המורכבות המתרחשות בתוך רקמות, ולהציע תובנות חשובות לאין ערוך לגבי המנגנונים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים בתחומים רבים, כולל אונקולוגיה, מדעי המוח, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה , ומחקרים בוטניים.
פלטפורמה: 10X Genomics Visium ו- Illumina NovaSeq
