-
רצף מטאנומי -NGS
מטאנום הוא אוסף של החומר הגנטי הכולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטאנומים סביבתיים ואנושיים. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים ניתנים לטיפוח ולא ניתנים לטיפוח כאחד. רצף מטגנומי של רובה ציד עם NGS מאפשר לחקור את הנופים הגנומיים המורכבים הללו המוטמעים בדגימות סביבתיות על ידי מתן יותר מפרופיל טקסונומי, ומעניק גם תובנות פרטניות לגבי מגוון המינים, דינמיקת שפע ומבני אוכלוסיה מורכבים. מעבר למחקרים טקסונומיים, מטגנומיקת רובה ציד מציעה גם פרספקטיבה גנומית פונקציונלית, המאפשרת לחקור את הגנים המקודדים ואת תפקידיהם המשוערים בתהליכים אקולוגיים. לבסוף, הקמת רשתות מתאם בין אלמנטים גנטיים וגורמים סביבתיים תורמת להבנה הוליסטית של משחק הגומלין המורכב בין קהילות מיקרוביאליות והרקע האקולוגי שלהן. לסיכום, רצף מטאנומי עומד כמכשיר מרכזי לפיתוח המורכבויות הגנומיות של קהילות מיקרוביאליות מגוונות, ומאיר את היחסים הרב-גוניים בין גנטיקה ואקולוגיה בתוך מערכות אקולוגיות מורכבות אלה.
פלטפורמות: Illumina NovaSeq ו-DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
מטאנום הוא אוסף של החומר הגנטי של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטאנומים סביבתיים ואנושיים. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים ניתנים לטיפוח ולא ניתנים לטיפוח כאחד. רצף מטאנומי מאפשר לחקור את הנופים הגנומיים המורכבים הללו המוטמעים בדגימות אקולוגיות על ידי מתן יותר מפרופיל טקסונומי. זה גם מציע פרספקטיבה גנומית פונקציונלית על ידי חקר הגנים המקודדים ותפקידיהם המשוערים בתהליכים סביבתיים. בעוד שגישות רובה ציד מסורתיות עם רצף Illumina היו בשימוש נרחב במחקרים מטאנומיים, הופעת רצף הקריאה הארוכה של Nanopore ו- PacBio שינתה את התחום. טכנולוגיית Nanopore ו- PacBio משפרות את הניתוח הביואינפורמטי במורד הזרם, בעיקר הרכבת מטאנומים, מה שמבטיח הרכבות רציפות יותר. דיווחים מצביעים על כך שמטגנומיקה מבוססת Nanopore ומבוססת PacBio יצרה בהצלחה גנום חיידקי מלא וסגור ממיקרוביום מורכב (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). שילוב קריאות Nanopore עם Illumina reads מספק גישה אסטרטגית לתיקון שגיאות, ומפחית את הדיוק הנמוך המובנה של Nanopore. שילוב סינרגטי זה ממנף את החוזקות של כל פלטפורמת רצף, ומציע פתרון חזק להתגבר על מגבלות פוטנציאליות ולקדם את הדיוק והאמינות של ניתוחים מטאנומיים.
פלטפורמה: Nanopore PromethION 48, Illumia ו- PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
הגנים rRNA 16S ו-18S, יחד עם אזור ה-Internal Transcribed Spacer (ITS), משמשים כסמני טביעת אצבע מולקולרית מרכזיים בשל השילוב שלהם בין אזורים שמורים מאוד והיפר-משתנים, מה שהופך אותם לכלים יקרי ערך לאפיון אורגניזמים פרוקריוטיים ואוקריוטיים. הגברה ורצף של אזורים אלה מציעים גישה נטולת בידוד לחקירת הרכב החיידקים והמגוון על פני מערכות אקולוגיות שונות. בעוד שרצף Illumina מכוון בדרך כלל לאזורים היפר-משתנים קצרים כמו V3-V4 של 16S ו-ITS1, הוכח שניתן להשיג הערה טקסונומית מעולה על ידי ריצוף באורך המלא של 16S, 18S ו-ITS. גישה מקיפה זו מביאה לאחוזים גבוהים יותר של רצפים מסווגים במדויק, תוך השגת רמת רזולוציה המשתרעת על זיהוי מינים. פלטפורמת רצף ה-Single-Molecule Real-Time (SMRT) של PacBio בולטת בכך שהיא מספקת קריאות ארוכות מדויקות ביותר (HiFi) המכסות את האמפליקונים באורך מלא, ומתחרה עם הדיוק של רצף Illumina. יכולת זו מאפשרת לחוקרים להשיג יתרון שאין שני לו - מבט פנורמי של הנוף הגנטי. הכיסוי המורחב מעלה משמעותית את הרזולוציה בהערות מינים, במיוחד בתוך קהילות חיידקים או פטריות, ומאפשרת הבנה מעמיקה יותר של המורכבויות של אוכלוסיות חיידקים.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ריצוף Amplicon עם טכנולוגיית Illumina, המכוונת במיוחד לסמנים הגנטיים 16S, 18S ו-ITS, היא שיטה רבת עוצמה לפיתוח הפילוגניה, הטקסונומיה ושפע המינים בתוך קהילות מיקרוביאליות. גישה זו כוללת ריצוף של האזורים ההיפר-משתנים של סמנים גנטיים למשק בית. הוצג במקור כטביעת אצבע מולקולרית על ידיWoeses et alבשנת 1977, טכניקה זו חוללה מהפכה בפרופיל המיקרוביום בכך שהיא אפשרה ניתוחים ללא בידוד. באמצעות רצף של 16S (חיידקים), 18S (פטריות) ו-Internal Transcribed Spacer (ITS, פטריות), החוקרים יכולים לזהות לא רק מינים בשפע אלא גם נדירים ולא מזוהים. אימוץ נרחב ככלי מרכזי, רצף אמפליקונים הפך להיות מכריע בהבחנה בהרכבים מיקרוביאליים דיפרנציאליים על פני סביבות מגוונות, כולל הפה האנושי, המעיים, הצואה ומעבר לכך.
-
ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות
פרויקטים של ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות הם חיוניים לקידום גנומיקה מיקרוביאלית על ידי מתן אפשרות להשלמת והשוואה של גנומים מיקרוביאליים. זה מקל על הנדסת תסיסה, אופטימיזציה של תהליכים תעשייתיים וחקירת מסלולי חילוף חומרים משניים. יתר על כן, ריצוף מחדש של פטריות וחיידקים הוא חיוני להבנת הסתגלות סביבתית, אופטימיזציה של זנים וחשיפת דינמיקה של אבולוציה גנטית, עם השלכות רחבות ברפואה, בחקלאות ובמדעי הסביבה.
-
רצף RNA פרוקריוטי
רצף RNA מעצים את הפרופיל המקיף של כל תעתיקי ה-RNA בתוך תאים בתנאים ספציפיים. טכנולוגיה חדשנית זו משמשת ככלי רב עוצמה, חושפת פרופילי ביטוי גנים מורכבים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים הקשורים לתהליכים ביולוגיים מגוונים. אימוץ נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני ופיתוח תרופות, רצף RNA מציע תובנות על המורכבות של דינמיקה תאית וויסות גנטי. עיבוד דגימת ה- RNA הפרוקריוטי שלנו מותאם לתעתיקים פרוקריוטיים, הכולל דלדול rRNA והכנת ספרייה כיוונית.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq
-
רצף Metatranscriptome
תוך מינוף טכנולוגיית הרצף של Illumina, שירות רצף metatranscriptome של BMKGENE חושף את ביטוי הגנים הדינמי של מערך מגוון של חיידקים, המשתרעים על פני אוקריוטים ועד פרוקריוטים ווירוסים, בתוך סביבות טבעיות כמו אדמה, מים, ים, צואה ומעי. השירות המקיף שלנו מאפשר לחוקרים להתעמק בפרופילים המלאים של ביטוי גנים של קהילות מיקרוביאליות. מעבר לאנליזה טקסונומית, שירות רצף ה-metatranscriptome שלנו מקל על חקירה של העשרה תפקודית, ושופך אור על גנים המבוטאים בצורה דיפרנציאלית ותפקידיהם. חשפו שפע של תובנות ביולוגיות בזמן שאתם מנווטים בנופים המורכבים של ביטוי גנים, מגוון טקסונומי ודינמיקה תפקודית בתוך נישות סביבתיות מגוונות אלו.
-
אספת הגנום הפטרייתי דה נובו
BMKGENE מציעה פתרונות מגוונים לגנום פטרייתי, העונים על צורכי מחקר מגוונים ושלמות הגנום הרצויה. שימוש ברצף Illumina לקריאה קצרה בלבד מאפשר יצירת גנום טיוטה. קריאה קצרה ורצף קריאה ארוכה באמצעות Nanopore או Pacbio משולבים לגנום פטרייתי מעודן יותר עם קונטיגים ארוכים יותר. יתר על כן, שילוב רצף Hi-C משפר עוד יותר את היכולות, ומאפשר השגת גנום מלא ברמת הכרומוזום.
-
אספת הגנום החיידקי דה נובו
אנו מספקים שירות מלא של הרכבת גנום חיידקי, המבטיח 0 פערים. זה אפשרי על ידי שילוב טכנולוגיות רצף קריאה ארוכת טווח, כגון Nanopore ו- PacBio להרכבה ורצף קריאה קצרה עם Illumina לאימות הרכבה ותיקון שגיאות של קריאות ONT. השירות שלנו מספק את זרימת העבודה הביואינפורמטית המלאה מהרכבה, הערות פונקציונליות וניתוח ביואינפורמטי מתקדם, תוך הגשמת יעדי מחקר ספציפיים. שירות זה מאפשר פיתוח גנומי ייחוס מדויקים למחקרים גנטיים וגנומיים שונים. בנוסף, הוא מהווה בסיס ליישומים כגון אופטימיזציה של זנים, הנדסה גנטית ופיתוח טכנולוגיה מיקרוביאלית, מה שמבטיח נתונים גנומיים אמינים וללא פערים החיוניים לקידום תובנות מדעיות וחדשנות ביוטכנולוגית.
