מפת חום
כלי Heatmap מקבל קובץ נתונים מטריצה כקלט ומאפשר למשתמשים לסנן, לנרמל ולאסוף נתונים. מקרה השימוש העיקרי עבור מפות חום הוא ניתוח אשכולות של רמת ביטוי גנים בין דגימות שונות.
הערת גנים
הכלי Gene Annotation מבצע ביאור גנים המבוסס על יישור רצף של קבצי FASTA קלט מול מסדי נתונים שונים.
כלי חיפוש יישור מקומי בסיסי (BLAST)
הכלי BLAST הוא גרסה משולבת BMKCloud של NCBI BLAST וניתן להשתמש בו כדי לבצע את אותן פונקציות באמצעות נתונים שהועלו לחשבון BMKCloud.
חיזוי CDS_UTR
כלי החיזוי CDS_UTR נועד לחזות אזורי קידוד (CDS) ואזורים שאינם מקודדים (UTR) ברצפי תמלול נתונים בהתבסס על תוצאות BLAST כנגד מסדי נתונים ידועים של חלבונים ותוצאות חיזוי ORF.
עלילת מנהטן
הכלי Manhattan Plot מאפשר הצגה של ניסויים בדגימות גבוהות והוא נפוץ במחקרי אסוציאציות גנום-רחביות (GWAS).
דיאגרמת סירקוס
הכלי CIRCOS Diagram מספק הדמיה יעילה של אופן הפצה של תכונה גנומית על פני הגנום. תכונות נפוצות כוללות לוקוסים כמותיים, SNPs, InDels, גרסאות מבניות ומספר העתקות.
העשרה של אונטולוגיה גנטית (GO).
הכלי GO Enrichment מספק ניתוח העשרה פונקציונלי. התוכנה העיקרית בכלי זה היא חבילת TopGO-Bioconductor, הכוללת ניתוח ביטוי דיפרנציאלי, ניתוח העשרה של GO והדמיה של התוצאות.
ניתוח רשתות ביטוי משותף של גנים (WGCNA)
WGCNA היא שיטת כריית נתונים בשימוש נרחב לגילוי מודולי ביטוי משותף של גנים. זה ישים על מערכי ביטוי שונים, כולל נתוני ביטוי גנים של microarray ו-NGS.
InterProScan
הכלי InterProScan מספק ניתוח וסיווג של רצף חלבון InterPro.
GO KEGG העשרה
הכלי GO KEGG Enrichment מתוכנן ליצור היסטוגרמה העשרה של GO, היסטוגרמה העשרה של KEGG ומסלול העשרה של KEGG בהתבסס על מערך גנים שסופק וביאור תואם.