רצף גנום שלם של צמח/חיה
תכונות שירות
● הכנת הספרייה יכולה להיות סטנדרטית או ללא PCR
● זמין ב-4 פלטפורמות רצף: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, או PacBio Revio.
● ניתוח ביואינפורמטי התמקד באיתור גרסאות: SNP, InDel, SV ו-CNV
יתרונות השירות
●רישומי מומחיות ופרסום נרחביםניסיון מצטבר בריצוף גנום עבור למעלה מ-1000 מינים הביא ליותר מ-1000 מקרים שפורסמו עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-5000.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיף: כולל קריאת וריאציה והערת פונקציה.
● תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
●ביאור מקיף: אנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי להוסיף הערות פונקציונליות לגנים עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, תוך מתן תובנות לגבי פרויקטי מחקר מרובים.
מפרט שירות
| יש לזהות גרסאות | אסטרטגיית רצף | עומק מומלץ |
| SNP ו-InDel | Illumina NovaSeq PE150 או MGI T7 | פי 10 |
| SV ו-CNV (פחות מדויק) | פי 30 | |
| SV ו-CNV (מדויק יותר) | Nanopore Prom P48 | פי 20 |
| SNPs, Indels, SV ו-CNV | PacBio Revio | פי 10 |
דרישות לדוגמא
| רקמות או חומצות גרעין מופקות | אילומינה/MGI | ננופור | PacBio
| ||
| קרביים של בעלי חיים | 0.5-1 גרם | ≥ 3.5 גרם
| ≥ 3.5 גרם
| ||
| שריר בעלי חיים | ≥ 5 גרם
| ≥ 5 גרם
| |||
| דם יונקים | 1.5 מ"ל | ≥ 0.5 מ"ל
| ≥ 5 מ"ל
| ||
| דם עופות/דגים | ≥ 0.1 מ"ל
| ≥ 0.5 מ"ל
| |||
| צמח- עלה טרי | 1-2 גרם | ≥ 2 גרם
| ≥ 5 גרם
| ||
| תאים מתורבתים |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| רקמה רכה של חרקים/פרט | 0.5-1 גרם | ≥ 1 גרם
| ≥ 3 גרם
| ||
| דנ"א מופק
| ריכוז: ≥ 1 ng/ µL כמות: ≥ 30 ננוגרם השפלה או זיהום מוגבל או ללא
| ריכוז סְכוּם
OD260/280
OD260/230
השפלה או זיהום מוגבל או ללא
| ≥ 40 ng/µL 4 מיקרוגרם/תא זרימה/דגימה
1.7-2.2
≥1.5 | ריכוז סְכוּם
OD260/280
OD260/230
השפלה או זיהום מוגבל או ללא | ≥ 50 ng/µL 10 מיקרוגרם/תא זרימה/דגימה
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| הכנת ספרייה ללא PCR: ריכוז ≥ 40 ng/ µL כמות ≥ 500 ננוגרם | |||||
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
מיצוי DNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
מסירת נתונים
כולל את הניתוח הבא:
- בקרת איכות נתונים גולמיים
- סטטיסטיקה של יישור לגנום הפניה
- זיהוי וריאנטים: SNP, InDel, SV ו-CNV
- ביאור פונקציונלי של גרסאות
סטטיסטיקה של יישור לגנום הפניה - רצף חלוקת עומק
קריאת SNP בין דגימות מרובות
זיהוי InDel – סטטיסטיקה של אורך InDel באזור ה-CDS והאזור הגנום כולו
התפלגות וריאנטית על פני הגנום - עלילת Circos
ביאור פונקציונלי של גנים עם גרסאות מזוהות - Gene Ontology
חי, Q. וחב'. (2023) 'גלוטתיון S-transferase GhTT19 קובע פיגמנטציה של עלי הכותרת של פרחים באמצעות ויסות הצטברות אנתוציאנין בכותנה', Plant Biotechnology Journal, 21(2), עמ'. 433. דוי: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'גנום הבר Hevea brasiliensis בר ברמת הכרומוזום מספק כלים חדשים לגידול בסיוע גנומי ולוקוסים בעלי ערך להעלאת תפוקת הגומי', Plant Biotechnology Journal, 21(5), עמ' 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
לי, א' ועוד. (2021) 'הגנום של הצדפה בשפך הנהר מספק תובנות לגבי השפעת האקלים והפלסטיות ההסתגלותית', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), עמ' 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'ניתוח של שינויים בגנום ומתילציה בתרנגולות ילידיות סיניות לאורך זמן מספק תובנה לגבי שימור מינים', Communications Biology, 5(1), עמ' 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
