רצף גנום צמח/חיה דה נובו
דה נובורצף מתייחס לבניית הגנום המלא של המין באמצעות טכנולוגיות רצף בהיעדר גנום התייחסות. המבוא והאימוץ הנרחב של רצף הדור השלישי, הכולל קריאות ארוכות יותר, שיפרו משמעותית את מכלול הגנום על ידי הגדלת החפיפה בין קריאות. שיפור זה רלוונטי במיוחד כאשר מתמודדים עם גנומים מאתגרים, כמו אלה המציגים הטרוזיגוזיות גבוהה, יחס גבוה של אזורים חוזרים ונשנים, פוליפלואידים ואזורים עם אלמנטים חוזרים ונשנים, תוכן GC לא תקין, או מורכבות גבוהה המורכבים בדרך כלל באמצעות רצף קצר קריאה קצרה. לְבַד.
הפיתרון החד-פעמי שלנו מספק שירותי רצף משולבים וניתוח ביו-אינפורמטי המספקים גנום שהורכב דה-נובו באיכות גבוהה. סקר גנום ראשוני עם Illumina מספק הערכות של גודל הגנום והמורכבות, ומידע זה משמש כדי להנחות את השלב הבא של רצף לקריאה ארוכה עם Pacbio HiFi, ואחריודה נובוהרכבה של Contigs. השימוש שלאחר מכן בהרכבה HIC מאפשר עיגון של הקונטיגס לגנום, קבלת מכלול ברמת הכרומוזום. לבסוף, הגנום מצוין על ידי חיזוי גנים ועל ידי רצף גנים מבוטאים, נוקט לתמלילים עם קריאות קצרות וארוכות.
תכונות שירות
● שילוב של שירותים מרובים רצפים ושירותים ביו-אינפורמטיים בפתרון חד-פעמי:
סקר גנום עם Illumina כדי להעריך את גודל הגנום ולהנחות צעדים עוקבים;
רצף קריאה ארוך עבורדה נובוהרכבה של Contigs;
רצף HI-C לעיגון כרומוזום;
רצף mRNA להערת גנים;
אימות המכלול.
● שירות המתאים לבניית גנומים חדשים או שיפור של גנום התייחסות קיימים למינים המעניינים.
יתרונות שירות
פיתוח פלטפורמות רצף וביואינפורמטיקה בדה נובומכלול גנום
(Amarasinghe sl et al.,ביולוגיה של גנום, 2020)
●רשומת מומחיות ורשומה נרחבת: BMKGENE צברה חוויה מאסיבית בהרכבת גנום איכותית של מינים מגוונים, כולל גנום דיפלואידי וגנומים מורכבים ביותר של מינים פוליפלואידים ואלופוליפואידים. מאז 2018 תרמו לנו300 פרסומים בעלי השפעה גבוהה, ו 20+ מהם מתפרסמים בגנטיקה של Nature Geneticsו
● פתרון חד-פעמי: הגישה המשולבת שלנו משלבת טכנולוגיות רצף מרובות וניתוחים ביו-אינפורמטיים לזרימת עבודה מגובשת, ומספקת גנום מורכב באיכות גבוהה.
●מותאם לצרכים שלך: זרימת העבודה של השירות שלנו ניתנת להתאמה אישית, ומאפשרת התאמה לגנום עם תכונות מגוונות וצרכי מחקר ספציפיים. זה כולל גנומים ענקיים מאכלסים, גנומים פוליפלואידים, גנומים הטרוזיגוטיים ביותר ועוד.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומנת מאוד וצוות מעבדה: עם ניסיון רב הן במכלולי הגנום המורכבים והן במכלולי הגנום המורכבים וסדרה של פטנטים ותוכנה זכויות יוצרים.
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
מפרטי שירות
| סקר גנום | מכלול גנום | ברמת כרומוזום | הערה של גנום |
| 50X Illumina NovaseQ PE150
| 30X PACBIO CCS HIFI קורא | 100X HI-C | RNA-Seq Illumina PE150 10 GB + (אופציונלי) אורך מלא RNA-Seq Pacbio 40 GB או ננופור 12 ג'יגה -בייט |
דרישות שירות
לסקר גנום, הרכבת הגנום והרכבת HI-C:
| רקמות או חומצות גרעין חולצות | סקר גנום | מכלול גנום עם פאקיו | מכלול HI-C |
| Viscera בעלי חיים | 0.5-1 גרם
| ≥ 3.5 גרם | ≥2 גרם |
| שריר בעלי חיים | ≥ 5 גרם | ||
| דם יונקים | 1.5 מ"ל
| ≥ 5 מ"ל | ≥2 מ"ל |
| דם עופות/דגים | ≥ 0.5 מ"ל | ||
| עלה טרי | 1-2 גרם | ≥ 5 גרם | ≥ 4 גרם |
| תאים מתורבתים |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| חֶרֶק | 0.5-1 גרם | ≥ 3 גרם | ≥ 2 גרם |
| DNA שחולץ | ריכוז: ≥1 ng/ μl כמות ≥ 30 ng השפלה או זיהום מוגבלים או ללא זיהום | ריכוז: ≥ 50 ng/ μl כמות: 10 מיקרוגרם/תא זרימה/מדגם OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 השפלה או זיהום מוגבלים או ללא זיהום |
-
|
להערה על גנום עם טרנסקריפטומיקה:
| רקמות או חומצות גרעין חולצות | תעתיק אילומינה | PACBIO Transcriptome | טרנסקריפטום ננו -פור |
| צמח- שורש/גזע/עלי כותרת | 450 מ"ג | 600 מ"ג | |
| צמח - עלה/זרע | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| צמח - פרי | 1.2 גרם | 1.2 גרם | |
| לב/מעיים של בעלי חיים | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| Viscera/מוח של בעלי חיים | 240 מ"ג | 240 מ"ג | |
| שריר בעלי חיים | 450 מ"ג | 450 מ"ג | |
| עצמות חיה/שיער/עור | 1 גרם | 1 גרם | |
| פרוקי רגליים - חרק | 6 | 6 | |
| Artlopod -crustacea | 300 מ"ג | 300 מ"ג | |
| דם מלא | צינור אחד | צינור אחד | |
| חולץ RNA | ריכוז: ≥ 20 ng/ μl כמות ≥ 0.3 מיקרוגרם OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 רין≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ריכוז: ≥ 100 ng/ μl כמות ≥ 0.75 מיקרוגרם OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 רין≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ריכוז: ≥ 100 ng/ μl כמות ≥ 0.75 מיקרוגרם OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 רין≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
משלוח מדגם מומלץ
מכולה: צינור צנטריפוגה של 2 מ"ל (נייר כסף לא מומלץ)
(עבור מרבית הדגימות אנו ממליצים לא לשמר באתנול.)
תיוג לדוגמא: יש לתייג את הדגימות בבירור וזהות לטופס המידע לדוגמא שהוגש.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז תחילה דגימות בשקיות ולקבור בקרח יבש.
זרימת עבודה
זרימת עבודות שירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי DNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
ניתוח ביו -אינפורמטי מלא, מופרד בארבעה שלבים:
1) סקר גנום, המבוסס על ניתוח K-MER עם NGS נכתב:
הערכת גודל הגנום
הערכת ההטרוזיגוזיות
הערכת אזורים חוזרים ונשנים
2) מכלול גנום עם Pacbio Hifi:
דה נובוהַרכָּבָה
הערכת הרכבה: כולל ניתוח Busco לשלמות הגנום ומיפוי החזרה של NGS ו- Pacbio Hifi קריאות
3) מכלול HI-C:
ספריית HI-C QC: הערכת אינטראקציות HI-C תקפות
מכלול HI-C: אשכול של Contigs בקבוצות, ואחריו קונטיג מזמין בתוך כל קבוצה והקצאת אוריינטציה של Contig
הערכת HI-C
4) הערה של גנום:
חיזוי RNA שאינו מקודד
זיהוי רצפים חוזרים ונשנים (טרנספוזונים וחוזרים על טנדם)
חיזוי גנים
§דה נובו: AB אלגוריתמים
§ מבוסס על הומולוגיה
§ מבוסס על טרנסקריפטום, עם קריאות ארוכות וקצרות: קריאות הןדה נובומורכב או ממופה לגנום הטיוטה
§ ביאור של גנים חזויים עם מסדי נתונים מרובים
1) סקר גנום- k-mer ניתוח
2) מכלול גנום
2) מכלול גנום - Pacbio Hifi קורא מיפוי להרכבה טיוטה
2) מכלול HI-C-הערכת זוגות אינטראקציה HI-C תקף
3) HI-C הערכה לאחר ההרכבה
4) הערה של גנום - שילוב של גנים חזויים
4) הערה של גנום - ביאור גנים חזויים
חקור את ההתקדמות המאפשרת שירותי הרכבה של גנום דה -נובו של BMKGENE באמצעות אוסף פרסומים אוצר:
Li, C. et al. (2021) 'רצפי הגנום חושפים מסלולי פיזור גלובליים ומציעים התאמות גנטיות מתכנסות בהתפתחות סוסות ים', תקשורת טבע, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'שינויים כרומוזומליים בקנה מידה גדול מובילים לשינויים בביטוי ברמת הגנום, הסתגלות סביבתית ומפרט בגוי (BOS Frontalis)', ביולוגיה מולקולרית והתפתחות, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
טיאן, ט. ואח '. (2023) 'הרכבת הגנום וניתוח גנטי של נבט תירס בולט עמיד בבצורת', גנטיקה של טבע 2023 55: 3, 55 (3), עמ '496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'חושף התפתחות של ביוסינתזה של טרופאן אלקלואיד על ידי ניתוח שני גנומים במשפחת Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), עמ '1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
מאתגרים ללימודי מקרה:
מכלול טלומר-לטלומר:פו, A. et al. (2023) 'מכלול הגנום הטלומר-לטלומר של מלון מר (Momordica Charantia L. Var. Abbreviata Ser.) חושף התפתחות פרי, הרכב והבשלת מאפיינים גנטיים', מחקר גננות, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
מכלול ההפלוטייפ:Hu, W. et al. (2021) 'הגנום המוגדר על ידי אלל חושף בידול דו-אללי במהלך התפתחות קסאבה', צמח מולקולרי, 14 (6), עמ '851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
מכלול גנום ענק:Yuan, J. et al. (2022) 'בסיס גנומי של גיגה-כרומוזומים וגנום גיגה של עץ עץ פוניה אוסטיי', תקשורת טבע 2022 13: 1, 13 (1), עמ '1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
מכלול גנום פוליפלואידי:Zhang, Q. et al. (2022) 'תובנות גנומיות לגבי הפחתת הכרומוזומים האחרונה של קנה סוכר של Autopolyploid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), עמ '885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
