PacBio 2+3 פתרון mRNA באורך מלא
תכונות
● עיצוב מחקר:
דגימה מאוחדת ברצף עם PacBio לזיהוי איזופורמי תמליל
דגימות נפרדות (שכפולים ותנאים לבדיקה) ברצף עםNGS לכימות ביטוי תמליל
● רצף PacBio במצב CCS, יצירת קריאות HiFi
● רצף של התמלילים באורך מלא
● ניתוח אינו מחייב גנום ייחוס; עם זאת, ניתן להעסיק אותו
● ניתוח ביואינפורמטי כולל לא רק ביטוי ברמת הגן והאיזופורם אלא גם ניתוח של lncRNA, איחוי גנים, פולי-אדנילציה ומבנה גנים
יתרונות
● דיוק גבוה: קריאת HiFi בדיוק של מעל 99.9% (Q30), דומה ל-NGS
● ניתוח חיבור חלופי: ריצוף של כל התמלילים מאפשר זיהוי ואפיון איזופורמים.
● שילוב של עוצמות PacBio ו-NGS: מאפשר כימות של ביטוי ברמת האיזופורמית, חשיפת שינוי שעשוי להיות מוסווה בעת ניתוח הביטוי הגן כולו
● מומחיות רבה: עם רקורד של השלמת למעלה מ-1100 פרויקטים של PacBio באורך מלא ועיבוד של למעלה מ-2300 דוגמאות, הצוות שלנו מביא ניסיון רב לכל פרויקט.
● תמיכה לאחר מכירה: המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמא ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| ספריית mRNA CCS מועשרת ב- PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 ג'יגה-בייט 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| פולי A מועשר | Illumina PE150 | 6-10 ג'יגה-בייט | Q30≥85% |
נוקלאוטידים
|
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ספריית אילומינה | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | לצמחים: RIN≥4.0; לבעלי חיים: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא |
| ספריית PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | צמחים: RIN≥7.5 בעלי חיים: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא |
משלוח לדוגמא מומלץ
מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל, למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש:יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
כולל את הניתוח הבא:
בקרת איכות נתונים גולמיים
ניתוח פוליאדנילציה אלטרנטיבי (APA)
ניתוח תמליל פיוז'ן
ניתוח חיבור חלופי
השוואת ניתוח אורתולוגים אוניברסליים בודדים (BUSCO).
ניתוח תמלול חדש: חיזוי של רצפי קידוד (CDS) והערה פונקציונלית
ניתוח lncRNA: חיזוי של lncRNA ומטרות
זיהוי מיקרו-לוויין (SSR)
ניתוח תמלילים מפורשים (DETs).
ניתוח גנים מבוטאים דיפרנציאליים (DEG).
ביאור פונקציונלי של DEGs ו-DETs
ניתוח BUSCO
ניתוח חיבור חלופי
ניתוח פוליאדנילציה אלטרנטיבי (APA)
גנים מבוטאים דיפרנציאליים (DEGs) ותעתיקים (ניתוח DETs9
רשתות אינטראקציה חלבון-חלבון של DETs ו-DEGs
חקור את ההתקדמות שהובילה PacBio 2+3 של BMKGene ברצף mRNA באורך מלא באמצעות אוסף של פרסומים.
Chao, Q. et al. (2019) 'הדינמיקה ההתפתחותית של תעתיק גבעול Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), עמ' 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'שינויים דינמיים בתכולת החומצה האסקורבית במהלך התפתחות הפרי והבשלת ה-Actindia latifolia (יבול עשיר ב-Ascorbate) והמנגנונים המולקולריים הקשורים', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), עמ'. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'ניבוי אפקטיבי של גנים של מסלול ביו-סינתטי המעורבים בפוליפילינים ביו-אקטיביים בפוליפילה של פריז', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'ניתוח משולבים של PacBio Iso-Seq ו- Illumina RNA-Seq של הגנים של Tuta absoluta (Meyrick) ו-Cytochrome P450', Insects, 14(4), עמ'. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "סקר של מורכבות התעתיק באמצעות ניתוח PacBio חד מולקולה בזמן אמת בשילוב עם רצף RNA Illumina להבנה טובה יותר של ביו-סינתזה של חומצה ריצינולאית ב-Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), עמ' 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
