רצף mRNA ללא הפניות mRNA-NGS
תכונות
● לכידת poly mRNA לפני הכנת הספרייה
● ללא תלות בגנום התייחסות כלשהו: מבוסס על הרכבה של דה נובו של תמלילים, תוך יצירת רשימה של יוניגנים המנותקים עם מספר מסדי נתונים (NR, שוויצרי-פרוט, COG, KOG, EGGNOG, PFAM, GO, KEGG)
● ניתוח ביו -אינפורמטי מקיף של ביטוי גנים ומבנה התמלול
יתרונות שירות
●מומחיות נרחבת: עם רקורד של עיבוד מעל 600,000 דגימות ב- BMKGENE, המשתרע על סוגי דגימות מגוונים כמו תרבויות תאים, רקמות ונוזלי גוף, הצוות שלנו מביא שפע של ניסיון לכל פרויקט. סגרנו בהצלחה מעל 100,000 פרויקטים של mRNA-seq בתחומי מחקר שונים.
●בקרת איכות קפדנית: אנו מיישמים נקודות בקרת ליבה בכל השלבים, החל מהכנת מדגם וספריה ועד רצף וביואינפורמטיקה. ניטור קפדני זה מבטיח מסירת תוצאות באיכות גבוהה בעקביות.
● הערה מקיפה: אנו משתמשים במאגרי נתונים מרובים כדי להעיר באופן פונקציונלי את הגנים המובעים באופן דיפרנציאלי (DEGS) ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, ומספק תובנות על התהליכים התאיים והמולקולריים העומדים בבסיס התגובה לתערה.
●תמיכה לאחר מכירה: המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
דרישות לדוגמא ומסירה
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| פולי מועשר | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
דרישות לדוגמא:
נוקלאוטידים:
| Conc. (Ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA המוצג בג'ל. | לצמחים: rin ≥4.0; לבעלי חיים: rin ≥4.5; 5.0 ≥28s/18s ≥1.0; מוגבלת או ללא גובה בסיס |
● צמחים:
שורש, גזע או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פרי: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעי: 300 מ"ג
קרב או מוח: 240 מ"ג
שריר: 450 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 6G
CRUSTACEA: 300 מ"ג
● דם מלא: צינור אחד
● תאים: 106 תאים
משלוח מדגם מומלץ
מכולה: צינור צנטריפוגה של 2 מ"ל (נייר כסף לא מומלץ)
תיוג לדוגמא: קבוצה+שכפול למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור בקרח יבש.
2. צינורות רנסטליים: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל Rnastable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודות שירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
ביואינפורמטיקה
מכלול טרנסקריפטום ובחירת יחידות
ביאור יוניגנה
מתאם מדגם והערכת משכפלים ביולוגיים
גנים שבאו לידי ביטוי באופן דיפרנציאלי (DEGS)
ביאור פונקציונלי של DEGS
העשרה פונקציונלית של DEG
חקור את ההתקדמות המאפשרת על ידי שירותי רצף ה- mRNA האוקריוטיים של BMKGENE, באמצעות אוסף פרסומים אוצר.
Shen, F. et al. (2020) 'מכלול טרנסקריפטום דה נובו וביטוי גנים מוטה מין בגונדות של שפמנון אמור (סילורוס אסוטוס)', גנומיקה, 112 (3), עמ '2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'ניתוח טרנסקריפטום של חילוף החומרים של סוכרוז במהלך נפיחות ופיתוח נורות בבצל (Allium Cepa L.)', Frontiers in Science Plant, 7 (ספטמבר), p. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'מכלול דה נובו, אפיון והערה לתמליל של Sarcocheilichthys Sinensis', PloS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'ניתוח טרנסקריפטום דה נובו מספק תובנות לגבי סובלנות המלח של Podocarpus macrophyllus תחת לחץ מליחות', BMC Biology Biology, 21 (1), עמ '1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/דמויות/9.
