מכלול גנום T2T, גנום ללא פער
1stשני גנום אורז1
כותרת: הרכבה ואימות של שני גנום התייחסות ללא פער עבור אורז שיאן/אינדיקה חושפים תובנות על ארכיטקטורת צנטרומיר צמחית
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
זמן פורסם: 01 בינואר 2021.
המכון: האוניברסיטה החקלאית של Huazhong, סין
חומרים
O. Sativa Xian/Indicaזני האורז 'Zhenshan 97 (ZS97)' ו- 'Minghui 63 (MH63)
אסטרטגיית רצף
NGS קוראת + Hifi קוראת + CLR קריאות + ביונאנו + HI-C
נְתוּנִים:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X orking HIFI קורא + 48.39 GB (~ 131X) CLR קורא + 25 GB (~ 69X) NGS + 2 תאי ביוננו IRYS
MH63: 37.88 GB (~ 103X) HIFI קורא + 48.97 GB (~ 132X) CLR קורא + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 תאי ביוננו IRYS
איור 1 איור 1 שני גנומים נטולי פער של אורז (MH63 ו- ZS97)
2ndגנום בננה2
כותרת: כרומוזומי בננה טלומר-לטלומר
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
זמן פורסם: 17 באפריל 2021.
מכון: אוניברסיטה פריז-סקליי, צרפת
חומרים
כפול חבלמוסא אקומינטהsppMalaccensis((DH-Pahang)
אסטרטגיית רצף ונתונים:
HiseQ2500 PE250 מצב+ מיניון/ פרומטיון (93GB, ~ 200x)+ מפה אופטית (DLE-1+ BSPQ1)
טבלה 1 השוואה בין מכלולי גנום של Musa Acuminata (DH-pahang)
איור 2 איור 2 השוואת אדריכלות גנום מוסא
3rdגנום phaeodactylum tricornutum3
כותרת: מכלול גנום טלומר-לטלומר שלP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
זמן פורסם: 04 במאי 2021
המכון: האוניברסיטה המערבית, קנדה
חומרים
Phaeodactylum tricornutum(אוסף תרבות של אצות ופרוטוזואה CCAP 1055/1)
אסטרטגיית רצף ונתונים:
1 תא זרימת זרימת אוקספורד ננופור 1 + 2 × 75 זיווג קצה אמצע-פלט NextSeq 550 ריצה
איור 3 זרימת עבודה להרכבת גנום טלומר-לטלומר
4thגנום CHM13 אנושי4
כותרת: הרצף השלם של גנום אנושי
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
זמן פורסם: 27 במאי 2021
מכון: מכונים לאומיים לבריאות (NIH), ארה"ב
חומרים: קו תאים CHM13
אסטרטגיית רצף ונתונים:
30 × רצף קונצנזוס מעגלי של פקביו (HIFI), רצף קריאה אולטרה-אולטרה-אולטרה-אולטרה-אורך 120 × אוקספורד, 100 × רצף נטול PCR של Illumina (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics HI-C (HI-C), מפות אופטיות של ביוננו, וסטרנד-סאק
טבלה 2 השוואה בין מכלולי גנום אנושי GRCH38 ו- T2T-CHM13
הַפנָיָה
1. Sergey Nurk et al. הרצף השלם של גנום אנושי. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. קרולין בלסר ואח '. כרומוזומים נטולי טלומר-טלומרים של בננה באמצעות רצף ננו-פור. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Daniel J. Giguere et al. מכלול גנום טלומר-לטלומר של phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. ג'יה-מינג סונג ואח '. הרכבה ואימות של שני גנום התייחסות ללא פער עבור אורז Xian/Indica חושף תובנות על ארכיטקטורת צנטרומיר צמחית. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
זמן ההודעה: ינואר -06-2022