מכלול גנום מבוסס HI-C
HI-C היא שיטה שנועדה ללכוד תצורת כרומוזום על ידי שילוב של אינטראקציות מבוססות קרבה ורצף תפוקה גבוהה. על פי ההערכה, עוצמת האינטראקציות הללו מתואמת לרעה עם המרחק הפיזי בכרומוזומים. לפיכך, נתוני HI-C משמשים להנחיית האשכול, ההזמנה וההתמצאות של רצפים מורכבים בגנום טיוטה ולעגון אלה למספר מסוים של כרומוזומים. טכנולוגיה זו מעצימה מכלול גנום ברמת כרומוזום בהיעדר מפה גנטית מבוססת אוכלוסייה. כל גנום בודד זקוק ל- HI-C.
תכונות שירות
● רצף ב- Illumina NovaseQ עם PE150.
● השירות דורש דגימות רקמות, במקום חומצות גרעין שחולצו, כדי לחבר קישור עם פורמלדהיד ולשמור על האינטראקציות בין חלבון ה- DNA.
● ניסוי HI-C כולל הגבלה ותיקון סיום של הקצוות הדביקים בביוטין, ואחריו מעגל הקצוות הבוטים שהתקבלו תוך שמירה על האינטראקציות. לאחר מכן נמשך ה- DNA עם חרוזי סטרפטווידין ומטהר להכנת הספרייה שלאחר מכן.
יתרונות שירות
סקירה כללית של HI-C
(ליברמן-איידן E et al.,מַדָע, 2009)
●ביטול הצורך בנתוני אוכלוסייה גנטית:HI-C מחליף את המידע החיוני הנדרש לעיגון CONTIG.
●צפיפות סמן גבוהה:מה שמוביל ליחס עיגון גבוה של Contig מעל 90%.
●רישומי מומחיות ופרסום נרחבים:ל- BMKGENE ניסיון רב עם למעלה מ- 2000 מקרים של מכלול גנום HI-C מ -1000 מינים שונים ופטנטים שונים. למעלה מ- 200 מקרים שפורסמו יש גורם השפעה מצטבר של מעל 2000.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומן מאוד:עם פטנטים פנימיים ותוכנה זכויות יוצרים לניסויי HI-C וניתוח נתונים, תוכנת נתוני ההדמיה המפותחת בעצמה מאפשרת תנועה ידנית, היפוך, ביטול ולבצע מחדש.
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
●ביאור מקיף: אנו משתמשים במאגרי מידע מרובים כדי להעיר את הגנים באופן פונקציונלי עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, ומספק תובנות על פרויקטים מחקריים מרובים.
מפרטי שירות
| הכנת הספרייה | אסטרטגיית רצף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| ספריית HI-C | Illumina NovaseQ PE150 | 100X | Q30 ≥ 85% |
דרישות לדוגמא
| רִקמָה | סכום חובה |
| Viscera בעלי חיים | ≥ 2 גרם |
| שריר בעלי חיים | |
| דם יונקים | ≥ 2 מ"ל |
| דם עופות/דגים | |
| עלה טרי | ≥ 3 גרם |
| תאים מתורבתים | ≥ 1x107 |
| חֶרֶק | ≥ 2 גרם |
זרימת עבודות שירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
1) נתונים גולמיים QC
2) ספריית HI-C QC: הערכת אינטראקציות HI-C תקפות
3) מכלול HI-C: אשכול של Contigs בקבוצות, ואחריו קונטיג מזמין בתוך כל קבוצה והקצאת אוריינטציה של Contig
4) הערכת HI-C
QC ספריית HI-C-הערכת זוגות אינטראקציה HI-C תקף
הרכבת HI-C-סטטיסטיקה
הערכה לאחר ההרכבה-מפת חום בעוצמת האות בין פחים
חקור את ההתקדמות המאפשרת שירותי הרכבה HI-C של BMKGENE באמצעות אוסף פרסומים אוצר.
טיאן, ט. ואח '. (2023) 'הרכבת הגנום וניתוח גנטי של נבט תירס בולט עמיד בבצורת', גנטיקה של טבע 2023 55: 3, 55 (3), עמ '496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'הרכבה בקנה מידה כרומוזום של גנום אפיס דבורת האסיאיות של דבורת האסיאנית', גבולות בגנטיקה, 11, עמ '. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'חושף התפתחות של ביוסינתזה של טרופאן אלקלואיד על ידי ניתוח שני גנומים במשפחת Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), עמ '1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'גנום של עץ הבניאן וצרעת המאביקים מספקים תובנות לגבי התפתחות שיתוף-איור', תא, 183 (4), עמ '875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
