אינטראקציית כרומטין מבוססת Hi-C
תכונות שירות
● רצף על Illumina NovaSeq עם PE150.
● השירות דורש דגימות רקמה, במקום חומצות גרעין מופקות, כדי להצליב עם פורמלדהיד ולשמר את האינטראקציות בין DNA לחלבון.
● ניסוי ה-Hi-C כולל הגבלה ותיקון סוף של הקצוות הדביקים עם ביוטין, ולאחר מכן מחזור של הקצוות הקהים שנוצרו תוך שמירה על האינטראקציות. לאחר מכן ה-DNA נמשך למטה עם חרוזי סטרפטאבידין ומטוהרים להכנת הספרייה הבאה.
יתרונות השירות
●עיצוב אנזים הגבלה אופטימלית: כדי להבטיח יעילות גבוהה של Hi-C על מינים שונים עם עד 93% זוגות אינטראקציה חוקיים.
●רישומי מומחיות ופרסום נרחבים:ל-BMKGene ניסיון רב עם יותר מ-2000 פרויקטי רצף Hi-C מ-800 מינים שונים ופטנטים שונים. למעלה מ-100 מקרים שפורסמו עם מקדם השפעה מצטבר של למעלה מ-900.
●צוות ביואינפורמטיקה מיומן:עם פטנטים פנימיים וזכויות יוצרים בתוכנה עבור ניסויי Hi-C וניתוח נתונים ותוכנת נתוני הדמיה בפיתוח עצמי.
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
●ביאור מקיף: אנו משתמשים במספר מסדי נתונים כדי להוסיף הערות פונקציונליות לגנים עם וריאציות מזוהות ולבצע את ניתוח ההעשרה המתאים, תוך מתן תובנות לגבי פרויקטי מחקר מרובים.
מפרט שירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | פלט נתונים מומלץ | רזולוציית אות Hi-C |
| ספריית Hi-C | Illumina PE150 | לולאת כרומטין: 150x TAD: 50x | לולאת כרומטין: 10Kb TAD: 40Kb |
דרישות שירות
| סוג מדגם | כמות נדרשת |
| רקמת בעלי חיים | ≥2 גרם |
| דם מלא | ≥2 מ"ל |
| פטריות | ≥1 גרם |
| צמח- רקמה צעירה | 1 גרם לכמות, מומלץ 2-4 מנות |
| תאים מתורבתים | ≥1x107 |
כולל את הניתוח הבא:
● QC נתונים גולמיים;
● QC של מיפוי ו-Hi-C ספריית: צמדי אינטראקציה חוקיים ו-Interaction Decay Exponents (IDEs);
● פרופיל אינטראקציה לכל הגנום: ניתוח cis/trans ומפת אינטראקציות Hi-C;
● ניתוח חלוקת תאי A/B;
● זיהוי של TADs ולולאות כרומטין;
● ניתוח דיפרנציאלי על רכיבי מבנה כרומטין תלת מימדיים בין דגימות וביאור פונקציונלי תואם של גנים קשורים.
התפלגות פרופורציות Cis וטרנס
מפת חום של אינטראקציות כרומוזומליות בין דגימות
הפצה רחבה של תאי A/B בכל הגנום
הפצה רחבה של הגנום של לולאות כרומטין
ויזואליזציה של TADs
חקור את ההתקדמות המחקרית המאפשרת שירותי רצף Hi-C של BMKGene באמצעות אוסף של פרסומים.
מנג, T. et al. (2021) "ניתוח משולב מולטי-omics השוואתי מזהה CA2 כיעד חדש לכורדומה",נוירו-אונקולוגיה, 23(10), עמ' 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
שו, ל. וחב'. (2021) 'חוסר ארגון וסידור מחדש של הגנום בתלת מימד מספקים תובנות לגבי הפתוגנזה של NAFLD על ידי רצף Hi-C, Nanopore ו-RNA משולב',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), עמ' 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
