מכלול גנום פטרייתי דה נובו
BMKGENE מציעה פתרונות רב -תכליתיים לגנום פטרייתי, קייטרינג לצרכי מחקר מגוונים ושלמות הגנום הרצוי. השימוש ברצף Illumina בקריאה קצרה בלבד מאפשר יצירת גנום טיוטה. קריאות קצרות ורצף לקריאה ארוכה באמצעות Nanopore או Pacbio משולבים עבור גנום פטרייתי מעודן יותר עם Contigs ארוך יותר. יתר על כן, שילוב רצף Hi-C משפר עוד יותר את היכולות, ומאפשר השגה של גנום שלם ברמת כרומוזום.
תכונות שירות
עם שלוש אפשרויות אפשריות לבחירה, תלוי בדרגה הרצויה של השלמות הגנום:
● טיוטת אפשרות גנום: רצף קריאה קצרה עם Illumina NovaseQ PE150.
● אפשרות גנום משובח פטרייתי:
סקר גנום: Illumina NovaseQ PE150.
מכלול גנום: Pacbio Revio (Hifi Reads) או Promethion Nanopore 48.
● גנום פטרייתי ברמת כרומוזום:
סקר גנום: Illumina NovaseQ PE150.
מכלול גנום: Pacbio Revio (Hifi Reads) או Promethion Nanopore 48.
עיגון Contig עם מכלול Hi-C.
יתרונות שירות
●אסטרטגיות רצף מרובות זמינות: ליעדי מחקר ודרישות שונות של שלמות הגנום
●זרימת עבודה של ביואינפורמטיקה מלאה:זה כולל הרכבה של גנום וניבוי של אלמנטים גנומיים מרובים, ביאור גנים פונקציונלי ועיגון Contig.
●מומחיות נרחבת: עם יותר מ 12,000 גנום מיקרוביאלי שהורכבו, אנו מביאים על עשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן מאוד, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
מפרטי שירות
| שֵׁרוּת | אסטרטגיית רצף | בקרת איכות |
| טיוטת גנום | Illumina PE150 100X | Q30≥85% |
| גנום משובח | סקר גנום: Illumina PE150 50 X הרכבה: Pacbio Hifi 30X או Nanopore 100X | contig n50 ≥1mb （Pacbio חד -תאיים ant contig n50 ≥2mb ≠ ont חד -תאיים ant contig n50 ≥500kb （אחרים Å |
| גנום ברמת כרומוזום | סקר גנום: Illumina PE150 50 X הרכבה: Pacbio Hifi 30X או Nanopore 100X מכלול HI-C 100X | יחס עיגון Contig> 90%
|
דרישות שירות
| ריכוז (ng/μl) | הסכום הכולל (מיקרוגרם) | נפח (μl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| פאצ'ביו | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ננופור | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| אילומינה | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
פטרייה חד -תאית: ≥3.5x1010 תאים
פטריית מקרו: ≥10 גרם
זרימת עבודות שירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
כולל את הניתוח הבא:
סקר גנום:
- רצף בקרת איכות נתונים
- הערכת גנום: גודל, הטרוזיגוזיות, אלמנטים חוזרים ונשנים
מכלול גנום משובח:
- רצף בקרת איכות נתונים
- דה נובוהַרכָּבָה
- ניתוח רכיבי גנום: חיזוי תקליטורים ואלמנטים גנומיים מרובים
- ביאור פונקציונלי עם מספר מסדי נתונים כלליים (GO, KEGG וכו ') ומאגרי מידע מתקדמים (כרטיס, VFDB וכו')
מכלול HI-C:
- הערכת ספריית HI-C.
- Contigs מעגן אשכולות, הזמנה ומכוונות
- הערכת הרכבת HI-C: מבוסס על גנום התייחסות ומפת חום
סקר גנום: הפצה K-MER
הרכבת גנום: הערה הומולוגית של גנים (מסד נתונים של NR)
מכלול גנום: ביאור גנים פונקציונלי (GO)
חקור את ההתקדמות המאפשרת שירותי הרכבה של גנום פטרייתי של BMKGENE באמצעות אוסף פרסומים מאוצר.
Hao, J. et al. (2023) 'פרופיל OMIC משולב של הפטריות הרפואיות inonotus obliquus בתנאים שקועים',BMC Genomics, 24 (1), עמ '1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/נתונים/3.
Lu, L. et al. (2023) 'רצף הגנום חושף את ההתפתחות והמנגנונים הפתוגניים של נקודת העיניים החדה של חיטה פתוגן Rhizoctonia cerealis',יומן היבול, 11 (2), עמ '405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'משאבי גנום לארבעה מינים של Clarireedia הגורמים לנקודה של דולר על עשבים מגוונים',מחלת צמחים, 107 (3), עמ '929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, Ss et al. (2023) 'עדות גנטית ומולקולרית למערכת ההזדווגות הטטראפולרית בפטריות האכילה גריפולה פרונדוסה',כתב העת של פטריות, 9 (10), עמ '. 959. doi: 10.3390/jof9100959/s1.
