גנטיקה אבולוציונית
יתרונות השירות
טאקאגי וחב',יומן הצמחים, 2013
●ניתוח ביואינפורמטיבי מקיף:מתן אפשרות להעריך את המגוון הגנטי, המשקף את הפוטנציאל האבולוציוני של מינים, וחושפת קשר פילוגנטי אמין בין מינים עם השפעה מזערית של אבולוציה מתכנסת ואבולוציה מקבילה
●אופציונלי ניתוח מותאם אישית: כגון הערכת זמן ומהירות ההתבדלות על סמך שינויים ברמת נוקלאוטיד וחומצות אמינו.
●רישומי מומחיות ופרסומים נרחבים: BMKGene צברה ניסיון מסיבי בפרוייקטים של אוכלוסיה וגנטיקה אבולוציונית במשך למעלה מ-15 שנים, המכסה אלפי מינים וכו' ותרמה ליותר מ-1000 פרויקטים ברמה גבוהה שפורסמו ב-Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, וכו'.
● צוות ביואינפורמטיקה מיומן ומחזור ניתוח קצר: עם ניסיון רב בניתוח גנומי מתקדם, הצוות של BMKGene מספק ניתוחים מקיפים עם זמן אספקה מהיר.
● תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
מפרט ודרישות שירות
| סוג של רצף | סולם אוכלוסין מומלץ | אסטרטגיית רצף | דרישות נוקלאוטידים |
| רצף הגנום השלם | ≥ 30 פרטים, עם ≥ 10 פרטים מכל תת-קבוצה
| פי 10 | ריכוז: ≥ 1 ng/ µL כמות כוללת ≥ 30ng השפלה או זיהום מוגבל או ללא |
| קטע מוגבר של לוקוס ספציפי (SLAF) | עומק תג: פי 10 מספר תגים: <400 Mb: WGS מומלץ <1Gb: 100K תגים 1Gb >2Gb: 300K תגים מקסימום 500 אלף תגים | ריכוז ≥ 5 ng/µL כמות כוללת ≥ 80 ננוגרם Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 ג'ל אגרוז: פירוק או זיהום ללא או מוגבל
|
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
השירות כולל ניתוח של מבנה האוכלוסייה (עץ פילוגנטי, PCA, תרשים ריבוד אוכלוסין), מגוון אוכלוסיות ובחירת אוכלוסיה (חוסר שיווי משקל, בחירה סלקטיבית של אתרים מועילים). השירות יכול לכלול גם ניתוח מותאם אישית (למשל זמן סטייה, זרימת גנים).
*תוצאות ההדגמה המוצגות כאן הן כולן מגנומים שפורסמו עם BMKGENE
1. ניתוח אבולוציה מכיל בנייה של עץ פילוגנטי, מבנה אוכלוסיה ו-PCA על בסיס וריאציות גנטיות.
עץ פילוגנטי מייצג קשרים טקסונומיים ואבולוציוניים בין מינים עם אב קדמון משותף.
PCA שואף לדמיין קרבה בין תת-אוכלוסיות.
מבנה האוכלוסייה מראה נוכחות של תת-אוכלוסיה שונה מבחינה גנטית במונחים של תדרי אללים.
חן, et. אל.,PNAS, 2020
2. סוויפ סלקטיבי
סריקה סלקטיבית מתייחסת לתהליך שבו נבחר אתר מועיל ותדירות של אתרים ניטרליים מקושרים מוגדלים ואלו של אתרים לא מקושרים מופחתים, וכתוצאה מכך מופחתת התדירות האזורית.
זיהוי רחב של הגנום באזורי סריקה סלקטיביים מעובד על ידי חישוב האינדקס הגנטי של האוכלוסייה (π，Fst, Tajima's D) של כל ה-SNPs בתוך חלון הזזה (100 Kb) בשלב מסוים (10 Kb).
מגוון נוקלאוטידים (π)
ד' של טאג'ימה
מדד קיבוע (Fst)
וו, et. אל.,צמח מולקולרי, 2018
3. זרימת גנים
וו, et. אל.,צמח מולקולרי, 2018
4.היסטוריה דמוגרפית
ג'אנג, et. אל.,טבע אקולוגיה ואבולוציה, 2021
5. זמן סטייה
ג'אנג, et. אל.,טבע אקולוגיה ואבולוציה, 2021
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי הגנטיקה האבולוציוניים של BMKGene באמצעות אוסף של פרסומים:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'גילוי של סמנים מולקולריים של SNP וגנים מועמדים הקשורים להתנגדות לנגיף Sacbrood בזחלים של Apis cerana cerana על ידי ריצוף מחדש של הגנום כולו',כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
חי, ג' ואח'. (2022) 'גילוי של סלמנדרה סינית ענקית פראית וטהורה מבחינה גנטית יוצרת הזדמנויות שימור חדשות',מחקר זואולוגי, 2022, כרך. 43, גיליון 3, עמודים: 469-480, 43(3), עמ' 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
האן, מ' ועוד. (2022) 'דפוס פילוגוגרפי והתפתחות אוכלוסייה היסטורית של הילידים אלימוס סיביריקוס ל' ברמת צ'ינגהאי-טיבטית',גבולות במדעי הצמח, 13, עמ'. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'תובנות גנומיות לגבי אבולוציה של לונגן ממכלול גנום ברמת הכרומוזום וגנומיקת אוכלוסיה של הצטרפות ללונגן',מחקר גננות, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
