רצף DNA/RNA -Pacbio רצף
תכונות
שני מצבי רצף על רצף Pacbio: קריאה ארוכה רציפה (CLR) וקריאת קונצנזוס מעגלית (CCS)
| מצב רצף | גודל הספרייה | נתונים תיאורטייםתשואה (לתא) | בסיס יחידדִיוּק | יישומים |
| CLR | 20KB, 30KB וכו '. | 80 GB עד 130 GB | בערך 85% | דה נובו, שיחות SV וכו ' |
| CCS | 15-20 KB | 14 עד 40 ג'יגה -בייט/תא (המשך II) 70 עד 110 ג'יגה -בייט/תא (Revio) תלוי בדגימות | בערך 99% | דה נובו, SNP/Indel/SV שיחה, ISO-seq, |
השוואה בין הביצועים והתכונות של Revio ו- Sequel II
| מונחים | מערכת המשך II | מערכת Revio | לְהַגדִיל |
| צפיפות גבוהה יותר | 8 מיליון ZMWs | 25 מיליון ZMWs | 3x |
| שלבים עצמאיים | 1 | 4 | 4x |
| זמני ריצה קצרים יותר | 30 שעות | 24 שעות | 1.25x |
| 30x גנומים אנושיים של 30X | 88 | 1,300 | 15x בסך הכל |
יתרונות שירות
● למעלה משמונה שנים ניסיון בפלטפורמת רצף Pacbio עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
● מצויד במלואו בפלטפורמות הרצף של פאצ'ביו האחרונות, Revio כדי להבטיח תפוקת רצף מספקת.
● זמן סיבוב מהיר יותר, תפוקת נתונים גבוהה יותר ונתונים מדויקים יותר.
● תרם במאות פרסומים מבוססי PACBIO בעלי השפעה גבוהה.
דרישות לדוגמא
| סוג לדוגמא | סְכוּם | ריכוז （Qubit®） | כֶּרֶך | טוֹהַר | אחרים |
| DNA גנומי | תלוי בדרישת הנתונים | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 ； שיא ברור ב 260 ננומטר ，אין מזהמים | יש למדוד את הריכוז על ידי qubit ו- qubit/nanopore = 0.8-2.5 |
| סך הכל RNA | ≥1.2 מיקרוגרם | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；אין מזהמים | ערך RIN ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
זרימת עבודה של שירות
הכנת דגימה
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
משלוח פרויקט
1. תשואת נתונים בבית
נתונים שנוצרו מ- 63 תאי סמ"ק (מ -26 מינים)
| נְתוּנִים-PACBIO-CCS-15 KB | מְמוּצָע | מקס | דקה | חֲצִיוֹן |
| תשואה - קבצות משנה (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| נילד - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| פולימראז N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| משנה משנה על N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| אורך-פולימראז ממוצע | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| קרידות אורך ממוצעות | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| אורך-CC ממוצע | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
נתונים שנוצרו מ -16 תאי CLR (מ- 76 מינים)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | מְמוּצָע | מקס | דקה | חֲצִיוֹן |
| תשואה - קבצות משנה (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| פולימראז N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| משנה משנה על N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| אורך-פולימראז ממוצע | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| קרידות אורך ממוצעות | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. Data QC - הדגמהנתונים סטטיסטיים על תשואת נתונים
| לִטעוֹם | CCS קורא Num | סך כל בסיסי CCS (BP) | CCS קורא N50 (BP) | CCS אורך ממוצע (BP) | CCS Longest Read (BP) | SUBREADS בסיסי (BP) | שיעור CCS (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
