רצף mRNA באורך מלא -PacBio
תכונות
● סינתזת cDNA מ-poly-A mRNA ולאחריה הכנת ספרייה
● רצף במצב CCS, הפקת קריאות HiFi
● רצף של התמלילים באורך מלא
● הניתוח אינו מצריך גנום ייחוס; עם זאת, ניתן להעסיק אותו
● אנליזה ביואינפורמטית מאפשרת ניתוח של תעתיקים isoform lncRNA, איחוי גנים, פולי-אדנילציה ומבנה גנים
יתרונות השירות
●דיוק גבוה: קריאת HiFi בדיוק של מעל 99.9% (Q30), דומה ל-NGS
● ניתוח חיבור חלופי: ריצוף של כל התמלילים מאפשר זיהוי ואפיון איזופורמים
●מומחיות רבה: עם רקורד של השלמת למעלה מ-1100 פרויקטים של PacBio באורך מלא ועיבוד של למעלה מ-2300 דוגמאות, הצוות שלנו מביא ניסיון רב לכל פרויקט.
●תמיכה לאחר מכירה: המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
דרישות לדוגמא ומשלוח
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| ספריית mRNA CCS מועשרת ב- PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 ג'יגה-בייט 5/10 M CCS | Q30≥85% |
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
● צמחים:
שורש, גבעול או עלה כותרת: 450 מ"ג
עלה או זרע: 300 מ"ג
פירות: 1.2 גרם
● בעל חיים:
לב או מעי: 300 מ"ג
קרביים או מוח: 240 מ"ג
שריר: 450 מ"ג
עצמות, שיער או עור: 1 גרם
● פרוקי רגליים:
חרקים: 6 גרם
סרטן: 300 מ"ג
● דם מלא: צינור אחד
● תאים: 106 תאים
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | שְׁלֵמוּת |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | לצמחים: RIN≥7.5; לבעלי חיים: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא |
משלוח לדוגמא מומלץ
מְכוֹלָה: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל, למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● ניתוח פוליאדנילציה אלטרנטיבי (APA)
● ניתוח תמליל פיוז'ן
● ניתוח חיבור חלופי
● השוואת ניתוח אורתולוגים אוניברסליים בודדים (BUSCO).
● ניתוח תמלול חדש: חיזוי של רצפי קידוד (CDS) והערה פונקציונלית
● ניתוח lncRNA: חיזוי של lncRNA ומטרות
● MicroStelite Identification (SSR)
ניתוח BUSCO
ניתוח חיבור חלופי
ניתוח פוליאדנילציה אלטרנטיבי (APA)
ביאור פונקציונלי של תמלול חדש
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי רצף mRNA באורך מלא של BMKGene של BMKGene בפרסום מוצג זה.
מא, י' ועוד. (2023) 'ניתוח השוואתי של שיטות רצף RNA PacBio ו-ONT לזיהוי ארס נמופילמה נומוראי', Genomics, 115(6), עמ'. 110709. דוי: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'הדינמיקה ההתפתחותית של תעתיק גבעול Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), עמ' 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'שינויים דינמיים בתכולת החומצה האסקורבית במהלך התפתחות הפרי והבשלת ה-Actindia latifolia (יבול עשיר ב-Ascorbate) והמנגנונים המולקולריים הקשורים', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), עמ'. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'ניבוי אפקטיבי של גנים של מסלול ביו-סינתטי המעורבים בפוליפילינים ביו-אקטיביים בפוליפילה של פריז', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'ניתוח משולבים של PacBio Iso-Seq ו- Illumina RNA-Seq של הגנים של Tuta absoluta (Meyrick) ו-Cytochrome P450', Insects, 14(4), עמ'. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "סקר של מורכבות התעתיק באמצעות ניתוח PacBio חד מולקולה בזמן אמת בשילוב עם רצף RNA Illumina להבנה טובה יותר של ביו-סינתזה של חומצה ריצינולאית ב-Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), עמ' 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
