גנומיקה השוואתית
יתרונות שירות
●רישומי מומחיות ורישומי פרסום נרחבים: עם הצטבר, BMKGENE השלים למעלה מ- 90 פרויקטים של גנומיקה השוואתית, כאשר גורם השפעה מצטבר הגיע ל 900.
●ניתוח ביואינפורמטיקה מקיף: חבילת הניתוחים מכילה את שמונה הניתוחים הנדרשים ביותר, ומספקת דמויות מוכנות לפרסום מעוצבות היטב ומאפשרת פרשנות קלה לתוצאות
●צוות ביו -אינפורמטיקה מיומן מאוד ומחזור ניתוח קצר: עם ניסיון רב בניתוח גנומיקה השוואתי, הצוות של BMKGENE ממלא את דרישות הניתוח המותאמות אישית מגוונות בזמן קצר-סיבוב
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר לסיום הפרויקט עם תקופת שירות לאחר המכירה של 3 חודשים. במהלך תקופה זו אנו מציעים מעקב אחר פרויקטים, סיוע לפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי להתייחס לשאלות הקשורות לתוצאות.
מפרטי שירות
| זמן סיבוב משוער | מספר המינים | ניתוחים |
| 30 ימי עבודה | 6 - 12 | אשכולות משפחתית של ג'ין התרחבות והתכווצות משפחתית של ג'ין בניית עץ פילוגנטית הערכת זמן סטייה (כיול מאובנים נדרש) זמן החדרת LTR (לצמחים) שכפול גנום שלם (לצמחים) לחץ סלקטיבי ניתוח Synenty |
ניתוחי ביואינפורמטיקה
● משפחת ג'ין
● פילוגנטיקה
● זמן סטייה
● לחץ סלקטיבי
● ניתוח Synenty
דרישות לדוגמא ומסירה
דרישות לדוגמא:
רקמות או DNA לרצף והרכבה של גנום
לרקמה
| מִין | רִקמָה | סֶקֶר | Pacbio CCS |
| חַיָה | רקמות קרביות | 0.5 ~ 1 גרם | ≥ 3.5 גרם |
| רקמת שריר | |||
| ≥ 5.0 גרם | |||
| ≥ 5.0 מ"ל | |||
| דם יונקים | |||
| ≥ 0.5 מ"ל | |||
| דם עופות/דגים | |||
| לִשְׁתוֹל | עלה טרי | 1 ~ 2 גרם | ≥ 5.0 גרם |
| עלי כותרת/גזע | 1 ~ 2 גרם | ≥ 10.0 גרם | |
| שורש/זרע | 1 ~ 2 גרם | ≥ 20.0 גרם | |
| תאים | תא מתורבת | - | ≥ 1 x 108 |
נְתוּנִים
קבצי רצף גנום (.fasta) וקבצי ביאור (.gff3) של מינים קשורים זה לזה
זרימת עבודות שירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר מכירה
*תוצאות הדגמה המוצגות כאן הן מגנום שפורסמו עם טכנולוגיות ביו -סמן
1. הערכת זמן הכנסת זמן: הנתון הציג התפלגות בימודלית ייחודית בזמני החדרת LTR-RTS בגנום שיפון, בהשוואה למינים אחרים. השיא האחרון הופיע לפני כ- 0.5 מיליון שנה.
Li Guang et al.,גנטיקה של טבע, 2021
2. ניתוח משפחת פילוגני וגנים על צ'ייוט (Sechium Edule): על ידי ניתוח צ'ייוטה ושאר 13 המינים הקשורים במשפחת הגנים, נמצא כי צ'יאוטה קשורה באופן הדוק ביותר לדלעת הנחש (Trichosanthes Anguina). צ'יאוט שמקורו בדלעת הנחש בסביבות 27-45 MYA ושכפול גנום שלם (WGD) נצפתה בצ'יאוטה ב- 25 ± 4 MYA, שהוא האירוע השלישי של WGD ב- Cucuibitaceae.
Fu a et al.,מחקר גננות, 2021
3. ניתוח סינטני: כמה גנים הקשורים לפיטוהורמונים בהתפתחות הפירות נמצאו בצ'ייוט, דלעת הנחש והסקווש. המתאם בין צ'יאוטה לדלעת מעט גבוה יותר מזה שבין דלעת הנחש.
Fu a et al.,מחקר גננות, 2021
4. ניתוח משפחתי של גן: העשרה של KEGG על התרחבות והתכווצות של משפחת הגנים בגנום G.Thurberi ו- G.Davidsonii הראו כי הורחבו ביוסינתזה של סטרואידים וגנים הקשורים לביוסינתזה של Brassinosteroid.
Yang Z et al.,ביולוגיה של BMC, 2021
5. ניתוח כפילויות של גנום שלם: ניתוח חלוקת 4DTV ו- KS הראה אירוע כפילות גנום שלם. פסגות של Intraspecies הראו אירועי כפילויות. פסגות של אינטר -מינים המוצגות אירועי מפרט. הניתוח הצביע על כך שהשוואה לשלושת המינים האחרים הקשורים זה לזה, O. Europaea עברה שכפול גנים בקנה מידה גדול לאחרונה.
Rao G et al.,מחקר גננות, 2021
מקרה BMK
רוז ללא עטיפה: תובנות גנומיות הקשורות להתאמת לחות
פורסם: סקירה לאומית למדע, 2021
אסטרטגיית רצף:
'בסיסיללא קוצים'(ר'וויצ'וריין) גנום:
בערך 93 x pacbio + בערך. 90 x ננופור + 267 x Illumina
תוצאות מפתח
1. הגנום האיכותי של R.wichuraiana נבנה בטכניקות רצף ארוכות קריאה, המניבות הרכבה של 530.07 מגה-בייט (גודל הגנום המשוער היה כ- 525.9 מגה-בייט על ידי ציטומטריה זרימה ו- 525.5 על ידי סקר הגנום ； הטרוזיגוזיות היה סביב 1.03%). בוסקו הערכה ציון היה 93.9%. בהשוואה ל"סומק ישן "(haploob), איכותו ושלמותו של גנום זה אושרה על ידי דיוק בסיס בסיס יחיד ומדד הרכבה LTR (LAI = 20.03). גנום R.Chiwuraiana מכיל 32,674 גנים קידוד חלבון.
2. ניתוח משותף של Multi-MiCs, המורכב מגנומיקה השוואתית, טרנסקריפטומיקה, ניתוח QTL של אוכלוסייה גנטית, חשף את המפרט המכריע בין R. Wichuraiana ל- Rosa Chinensis. כמו כן, סביר להניח כי וריאציה של ביטוי של גנים קשורים ב- QTL היו קשורים לדפוסי קטיף גזע.
הגנומיקה השוואתית anysis בין Basye; S Thornless ו- Rosa Chinensis כולל ניתוח synenty, אשכול משפחת גנים, התרחבות וניתוח התכווצות, חשפו מספר גדול של וריאציות, שקשורות לתכונות מכריעות בשושנים. ההתרחבות הייחודית במשפחת הגנים של NAC ו- FAR1/FRS הייתה סבירה מאוד להיות קשורה להתנגדות למקום השחור.
ניתוח גנומיקה השוואתי בין גנום BT ו- Haploob.
Zhong, M., et al. "רוז ללא עקירת: תובנות גנומיות הקשורות להתאמת לחות"סקירה לאומית למדע, 2021;, NWAB092.
