BMKMANU S3000_SPATIAL TRANGRIPTOME
תוכנית BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome
תכונות
- רזולוציה: 3.5 מיקרומטר
- קוטר נקודה: 2.5 מיקרומטר
- מספר המקומות: בערך 4 מיליון
- 3 פורמטים של אזור לכידה אפשרי: 6.8 מ"מ * 6.8 מ"מ, 11 מ"מ * 11 מ"מ או 15 מ"מ * 20 מ"מ
- כל חרוז ברקוד עמוס בפריימרים המורכבים מ -4 חלקים:
• זנב פולי (DT) לתחילת mRNA וסינתזת cDNA,
• מזהה מולקולרי ייחודי (UMI) לתיקון הטיית הגברה
• ברקוד מרחבי
• רצף קשירה של פריימר רצף קריאה חלקית 1
- H&E וכתמי פלורסנט של קטעים
- אפשרות להשתמש בטכנולוגיית פילוח תאים: שילוב של מכתים H&E, מכתים פלורסנטיים ורצף RNA כדי לקבוע את הגבולות של כל תא ולהקצות נכון ביטוי גנים לכל תא. עיבוד ניתוח פרופיל מרחבי במורד הזרם המבוסס על סל תאים.
- ניתן להשיג ניתוח רזולוציה רב-שכבית: ניתוח גמיש רב-דרגות, שנע בין 100- ל- 3.5 אממ. לפתרון תכונות רקמות מגוונות ברזולוציה אופטימלית.
היתרונות של BMKMANU S3000
-הכפלת כתמי לכידה ל -4 מיליון: עם רזולוציה משופרת של 3.5 UM, מה שמוביל לגילוי גנים ואומות גבוה יותר לתא. התוצאה היא שיפור אשכולות של תאים המבוססים על פרופילי תעתיק, עם פירוט עדין התואם את מבנה הרקמות.
- רזולוציה תת-תאית:כל שטח לכידה הכיל> 2 מיליון כתמים ברקודים מרחביים בקוטר של 2.5 מיקרומטר ומרווח של 5 מיקרומטר בין מרכזי ספוט, מה שמאפשר ניתוח טרנסקריפטום מרחבי ברזולוציה תת-תאית (5 מיקרומטר).
-ניתוח רזולוציה רב-דרגית:ניתוח רב-דרגתי גמיש שנע בין 100 מיקרומטר ל -5 מיקרומטר כדי לפתור תכונות רקמות מגוונות ברזולוציה אופטימלית.
-אפשרות להשתמש בטכנולוגיית פילוח תאים "שלוש בשקופיות אחת":שילוב מכתים פלואורסצנטיים, מכתים של H&E ורצף RNA על שקופית יחידה, אלגוריתם הניתוח "שלוש-באחד" שלנו מסמיך את זיהוי גבולות התא עבור טרנסקריפטומיקה מבוססת תאים.
-תואם לפלטפורמות רצף מרובות: גם NGS וגם רצף לקריאה ארוכה זמינים.
-עיצוב גמיש של 1-8 אזור לכידה פעיל: גודל אזור הלכידה גמיש, ניתן להשתמש ב -3 פורמטים (6.8 מ"מ * 6.8 מ"מ., 11 מ"מ * 11 מ"מ ו -15 מ"מ * 20 מ"מ)
-שירות חד-פעמי: משלב את כל הצעדים הניסיון והמיומנות, כולל קטעי קריאו, מכתים, אופטימיזציה של רקמות, ברקוד מרחבי, הכנת הספרייה, רצף וביואינפורמטיקה.
-ביואינפורמטיקה מקיפה והדמיה ידידותית למשתמש של תוצאות:החבילה כוללת 29 ניתוחים ו 100+ דמויות באיכות גבוהה, בשילוב עם שימוש בתוכנה מפותחת ב- INHOUSE כדי להמחיש ולהתאים אישית את פיצול התאים ואשכול הספוט.
-ניתוח נתונים והדמיה מותאמים אישית: זמין לבקשות מחקר שונות
-צוות טכני מיומן מאוד: עם ניסיון ביותר מ -250 סוגי רקמות ו 100+ מינים כולל אנושי, עכבר, יונקים, דגים וצמחים.
-עדכונים בזמן אמת על פרויקט שלם: עם שליטה מלאה על התקדמות ניסיונית.
-ניתוח משותף אופציונלי עם רצף mRNA חד-תאי
מפרטי שירות
| דרישות לדוגמא | סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים | בקרת איכות |
| דגימות קריאו משובצות אוקטובר (קוטר אופטימלי: בערך 6 × 6 × 6 מ"מ 3) 2 חסימות לכל מדגם 1 לניסוי, 1 לגיבוי | ספריית s3000 cDNA | Illumina PE150 | 160K PE קורא ל 100 υm (250 ג'יגה -בייט) | Rin> 7 |
לפרטים נוספים על הדרכת הכנת הדגימה וזרימת העבודה של שירות, אנא אל תהסס לדבר עם אמומחה BMKGENE
זרימת עבודות שירות
בשלב הכנת הדגימה, מבוצע ניסוי מיצוי RNA ראשוני בתפזורת כדי להבטיח ניתן להשיג RNA באיכות גבוהה. בשלב אופטימיזציה של הרקמות, החלקים מוכתמים וממחישים ומדמיינים את תנאי החדירה לשחרור mRNA מרקמות. לאחר מכן מיושם הפרוטוקול המותאם במהלך בניית הספרייה, ואחריו רצף וניתוח נתונים.
זרימת העבודה המלאה של השירות כוללת עדכונים בזמן אמת ואישורי לקוחות לשמירה על לולאת משוב מגיבה, מה שמבטיח ביצוע פרויקטים חלק.
הנתונים שנוצרו על ידי BMKmanu S3000 מנותחים באמצעות התוכנה "Bstmatrix", המעוצבת באופן עצמאי על ידי BMKGene, ומייצרת מטריצת ביטוי גנים רזולוציה רב -שכבית. משם נוצר דוח סטנדרטי הכולל בקרת איכות נתונים, ניתוח מדגם פנימי וניתוח בין קבוצות.
- בקרת איכות נתונים:
- תפוקת נתונים ופצת ציון איכות
- גילוי גנים לכל נקודה
- כיסוי רקמות
- ניתוח מדגם פנימי:
- עושר גנים
- אשכולות ספוט, כולל ניתוח מימד מופחת
- ניתוח ביטוי דיפרנציאלי בין אשכולות: זיהוי גני סמן
- הערה והעשרה תפקודית של גני סמן
- ניתוח בין קבוצות
-סיום מחדש של כתמים משתי הדגימות (למשל חולה ובקרה) ואשכול מחדש
- זיהוי גני סמן לכל אשכול
- הערה והעשרה תפקודית של גני סמן
- ביטוי דיפרנציאלי של אותו אשכול בין קבוצות
בנוסף, ה- BMKGene שפותח "BSTViewer" הוא כלי ידידותי למשתמש המאפשר למשתמש לדמיין את ביטוי הגנים ואת אשכולות ספוט ברזולוציות שונות.
BMKGENE מציעה שירותי פרופיל מרחביים ברזולוציה מדויקת של תאים יחיד (מבוסס על סל תאים או סל ריבוע רב-שכבתי מ- 100UM ל- 3.5UM).
נתוני פרופיל מרחביים מקטעי רקמות בשקופיות S3000 ביצעו היטב כמטה.
מקרה מקרה 1: מוח עכבר
ניתוח קטע מוח עכבר עם S3000 הביא לזיהוי של ~ 94,000 תאים, עם רצף חציוני של ~ 2000 גנים לתא. הרזולוציה המשופרת של 3.5 UM הביאה לאשכול מפורט מאוד של התאים על סמך דפוסי תעתיק, כאשר אשכולות התאים מחקים את המוח מבדיל את המבנים. זה נצפה בקלות על ידי הדמיה של התפלגות התאים המקובצים כאוליגודנדרוציטים ותאי מיקרוגליה, שנמצאים כמעט אך ורק בחומר אפור ולבן, בהתאמה.
מקרה מקרה 2: עובר עכבר
ניתוח קטע עוברי עכבר עם S3000 הביא לזיהוי של ~ 2200,000 תאים, עם רצף חציוני של ~ 1600 גנים לתא. הרזולוציה המשופרת של 3.5 UM הביאה לאשכול מפורט מאוד של התאים על בסיס דפוסי תעתיק, עם 12 אשכולות באזור העין ו -28 אשכולות באזור המוח.
ניתוח מדגם פנימי אשכול תאים:
גנים של סמן זיהוי והפצה מרחבית:
-רזולוציה תת-תאית גבוהה יותר: בהשוואה לשקופית S1000, כל שטח לכידה של S3000 הכיל> 4 מיליון כתמים ברקוד מרחביים בקוטר של 2.5 מיקרומטר ומרחק של 3.5 מיקרומטר בין מרכזי ספוט, המאפשרים ניתוח תעתיק מרחבי עם רזולוציה תת-תאית גבוהה יותר (סל מרובע: 3.5 מיקרומטר).
- יעילות לכידה גבוהה יותר: בהשוואה לשקופית S1000, חציון_ומי עולה מ -30% ל -70%, חציון_ גן עולה מ -30% ל 60%
סכמת שבב S1000:
סכמת שבב S3000:
