אספת הגנום החיידקי דה נובו
אנו מספקים שירות מלא של הרכבת גנום חיידקי, המבטיח 0 פערים. זה אפשרי על ידי שילוב טכנולוגיות רצף קריאה ארוכת טווח, כגון Nanopore ו- PacBio להרכבה ורצף קריאה קצרה עם Illumina לאימות הרכבה ותיקון שגיאות של קריאות ONT. השירות שלנו מספק את זרימת העבודה הביואינפורמטית המלאה מהרכבה, הערות פונקציונליות וניתוח ביואינפורמטי מתקדם, תוך הגשמת יעדי מחקר ספציפיים. שירות זה מאפשר פיתוח גנומי ייחוס מדויקים למחקרים גנטיים וגנומיים שונים. בנוסף, הוא מהווה בסיס ליישומים כגון אופטימיזציה של זנים, הנדסה גנטית ופיתוח טכנולוגיה מיקרוביאלית, מה שמבטיח נתונים גנומיים אמינים וללא פערים החיוניים לקידום תובנות מדעיות וחדשנות ביוטכנולוגית.
תכונות שירות
● עם שתי אפשרויות אפשריות לבחירה בהתאם למידת השלמות הגנומית הרצויה.
● אפשרות טיוטת גנום: רצף קריאה קצר עם Illumina NovaSeq PE150.
● השלם גנום 0 פערים.
● רצף קריאה ארוך על Nanopore PromethION 48 או PacBio Revio להרכבת גנום.
● קריאה קצרה ברצף על Illumina NovaSeq לאימות גנום ותיקון שגיאות (Nanopore) או ליצירת טיוטה של גנום.
יתרונות השירות
●גנום אפס פער מובטח: זה נובע מהשילוב של רצף Illumina עם רצף קריאה ארוך (Nanopore או PacBio).
●זרימת עבודה ביואינפורמטיקה מלאה:זה כולל הרכבה של גנום וחיזוי של אלמנטים גנומיים מרובים, ביאור גנים פונקציונלי, והדמיות גנום כגון עלילת Circos.
●מומחיות רבה: עם למעלה מ-20,000 גנומים מיקרוביאליים מורכבים, BMKGENE מביאה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
●תמיכה לאחר מכירה:המחויבות שלנו משתרעת מעבר להשלמת הפרויקט עם תקופת שירות של 3 חודשים לאחר המכירה. במהלך תקופה זו, אנו מציעים מעקב אחר הפרויקט, סיוע בפתרון בעיות ומפגשי שאלות ותשובות כדי לטפל בכל שאלה הקשורה לתוצאות.
●אסטרטגיות רצף מרובות זמינות:למטרות מחקר ודרישות שונות של שלמות הגנום.
מפרט שירות
| שֵׁרוּת | אסטרטגיית רצף |
| טיוטת הגנום | Illumina PE150 100x |
| 0 גנום פער | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (אופציונלי) |
דרישות לדוגמה:
| ריכוז (ng/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | נפח (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ננופור | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| אילומינה | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· חיידקים: ≥3.5x1010 תאים
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים ברצף
● אספת הגנום
● ניתוח רכיבי הגנום: חיזוי של CDS ואלמנטים גנומיים מרובים
● הערה פונקציונלית עם מסדי נתונים כלליים מרובים (GO, KEGG וכו') ומסדי נתונים מתקדמים (CARD, VFDB וכו')
● ויזואליזציה של הגנום
אנו מספקים את הגנום בפורמט Fasta נגיש וקובץ הביאור של הגנום (gff).
ביאור גנים - GO
ביאור גנים - CAZY carbohydrates
הדמיית גנום - עלילת Circos
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי הרכבת הגנום החיידקי של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים.
דאי, ו' ועוד. (2023) 'גילוי של Bacteroides uniformis F18-22 כחיידק פרוביוטי בטוח וחדשני לטיפול בקוליטיס כיבית ממעי הגס האנושי הבריא',כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים, 24(19), עמ'. 14669. דוי: 10.3390/IJMS241914669/S1.
קאנג, Q. et al. (2021) 'מבודדים Proteus mirabilis עמידים לתרופות הנושאות blaOXA-1 ו-blaNDM-1 מחיות בר בסין: הגדלת הסיכון לבריאות הציבור',זואולוגיה אינטגרטיבית, 16(6), עמ' 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'רצף הגנום המלא של האנדופיט Bacillus flexus KLBMP 4941 חושף את מנגנון קידום הצמיחה של הצמח והבסיס הגנטי לסבילות למלח',כתב עת לביוטכנולוגיה, 260, עמ' 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'פלסמידים בעלי עמידות רב-שכפול של Klebsiella מתווכים הפצה נרחבת של גנים אנטי-מיקרוביאליים',גבולות במיקרוביולוגיה, 12, עמ'. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
