Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS)

רצף Amplicon (16S/18S/ITS) עם Illumina הוא שיטה לניתוח מגוון מיקרוביאלי על ידי זיהוי פרופילים מיקרוביאליים לפי הרצפים שלהם ולאחר מכן ניסיון לפענח את העושר והמגוון הקהילתי בתוך כל דגימה ובין דגימות. צינור BMKCloud Amplicon (NGS) מאפשר ניתוח של 16S, 18S, ITS וגנים פונקציונליים מרובים. זה מתחיל עם חיתוך קריאה, הרכבת קריאה בקצה זוגי והערכת איכות, ולאחר מכן קיבוץ של קריאות דומות ליצירת יחידות טקסונומיות תפעוליות (OTUs) המשמשות בשישה קטעי ניתוח שונים. ביאור טקסונומי מספק מידע על השפע וההרכב היחסיים של כל דגימה, בעוד שניתוחי גיוון אלפא וביטא מתמקדים במגוון מיקרוביאלי בתוך ובין דגימות, בהתאמה. ניתוח דיפרנציאלי בין קבוצות מוצא OTUs הנבדלים באמצעות מבחנים פרמטריים ולא פרמטריים, בעוד שניתוח מתאם מתייחס להבדלים אלה לגורמים סביבתיים. לבסוף, שפע גנים פונקציונלי צפוי על סמך שפע גני סמן, המספק תובנות לגבי תפקוד ואקולוגיה בכל דגימה.