16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
תכונות שירות
● פלטפורמת רצף: PacBio Revio
● מצב רצף: CCS (קריאת HiFi)
● הגברה של אזור המטרה ולאחריה קישור טנדם של אמפליקונים לפני הכנת ספריית הפעמון HiFi SMRT
יתרונות השירות
●רזולוציה טקסונומית גבוהה יותר: Tרצף האן קצר-אמפליקון,המאפשר שיעורי סיווג OTU גבוהים יותר ברמת המין.
●קריאת בסיס מדויקת ביותר: רצף מצב PacBio CCS (קריאת HiFi).
●ללא בידוד: זיהוי מהיר של הרכב חיידקים בדגימות סביבתיות.
●ישים באופן נרחב: מחקרים מגוונים בקהילה מיקרוביאלית.
●ניתוח ביואינפורמטי מקיף: חבילת QIIME2 העדכנית (תובנה כמותית לאקולוגיה מיקרוביאלית) עם ניתוחים מגוונים במונחים של מסד נתונים, הערות, OTU/ASV.
●מומחיות רבה: עם אלפי פרויקטים של רצף אמפליקונים שנערכים מדי שנה, BMKGENE מביאה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
מפרט שירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים |
| אמפליקון | PacBio Revio | 10/30/50 K תגים (CCS) |
דרישות לדוגמא
| ריכוז (ng/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | נפח (µL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך. נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● OTU clustering/De-Noise (ASV)
●ביאור OTU
●ניתוח גיוון אלפא: מספר אינדקסים, כולל שאנון, סימפסון ו-ACE.
● ניתוח גיוון בטא
●ניתוח בין קבוצות
● ניתוח מתאם: בין גורמים סביבתיים והרכב ומגוון OUT
● חיזוי גנים פונקציונליים 16S
היסטוגרמה של התפלגות טקסונומית
עץ פילוגנטי להפצה קהילתית
ניתוח גיוון אלפא: ACE
מַדָד
ניתוח גיוון בטא: PCoA
ניתוח בין קבוצות: ANOVA
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי רצף האמפליקונים של BMKGene עם PacBio באמצעות אוסף פרסומים מאוצר.
Gao, X. and Wang, H. (2023) 'ניתוח השוואתי של פרופילים ותפקודים של חיידקי הרחם במהלך הסתגלות לפנולוגיות שונות (Regreen לעומת Grassy) בכבשי מרינו אלפיני עם שני שלבי גידול באחו אלפיני', תסיסה, 9( 1), עמ'. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'לכידת החומר האפל המיקרוביאלי בקרקעות מדבריות באמצעות מטאנומיקה מבוססת תרבות וניתוח ברזולוציה גבוהה', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), עמ' 1-14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'השפעות של מלחי חומצות שומן על מאפייני התסיסה, מגוון חיידקים ויציבות אירובית של תחמיץ מעורב שהוכן עם אספסת, קש אורז וסובין חיטה', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), עמ' 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) "האינטראקציה בין סמנים ביולוגיים של מתח חמצוני ומיקרוביוטה במעיים בהשפעות נוגדות החמצון של תמציות מ-Sonchus brachyotus DC. ב-Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, עמ' 192, יב(1), עמ' 192. דוי: 10.3390/ANTIOX12010192.
