16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
תכונות שירות
● פלטפורמת רצף: Illumina NovaSeq.
● הגברה של אזורים קצרים של 16S, 18S ו-ITS, בין יעדי הגברה אחרים.
● אפשרויות גמישות של אמפליקון.
● ניסיון קודם בפרויקט עם מספר יעדי הגברה.
יתרונות השירות
●ללא בידוד:זיהוי מהיר של הרכב החיידקים בדגימות סביבתיות.
●רזולוציה גבוהה: ברכיבים בכמות נמוכה בדגימות סביבתיות.
●ישים באופן נרחב: מחקרים מגוונים בקהילה מיקרוביאלית.
●ניתוח ביואינפורמטי מקיף: חבילת QIIME2 העדכנית (תובנה כמותית לאקולוגיה מיקרוביאלית) עם ניתוחים מגוונים במונחים של מסד נתונים, הערות, OTU/ASV.
●מומחיות רבה: עם 150 אלף פרויקטים של רצף אמפליקונים שנערכים מדי שנה, BMKGENE מביאה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
מפרט שירות
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | נתונים מומלצים |
| אמפליקון | Illumina PE250 | 50/100/300K תגיות (צמדי קריאה) |
דרישות שירות
| ריכוז (ng/µL) | סכום כולל (ng) | נפח (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● אדמה/בוצה: 1-2 גרם
● תוכן מעיים-חיה: 0.5-2 גרם
● תוכן מעי-חרק: 0.1-0.25 גרם
● פני הצמח (משקע מועשר): 0.1-0.5 גרם
● משקעים מועשרים במרק תסיסה): 0.1-0.5 גרם
● צואה (בעלי חיים גדולים): 0.5-2 גרם
● צואה (עכבר): 3-5 גרגרים
● נוזל שטיפה מכתשית ריאתית: נייר סינון
● ספוגית נרתיקית: 5-6 ספוגיות
● ספוגית עור/איבר מין/רוק/רקמה רכה מהפה/משטח לוע/משטח פי הטבעת: 2-3 ספוגיות
● מיקרואורגניזמים על פני השטח: נייר סינון
● גוף מים/אוויר/ביופילם: נייר סינון
● אנדופיטים: 1-2 גרם
● רובד שיניים: 0.5-1 גרם
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
כולל את הניתוח הבא:
- בקרת איכות נתונים גולמיים
- OTU clustering /De-Noise(ASV)
- הערת OTU
- ניתוח גיוון אלפא: מספר אינדקסים, כולל שאנון, סימפסון ו-ACE.
- ניתוח גיוון בטא
- ניתוח בין קבוצות
- ניתוח מתאם: בין גורמים סביבתיים להרכב וגיוון OUT
- חיזוי גנים פונקציונליים של 16S
היסטוגרמה של התפלגות טקסונומית
מפת חום צבירת שפע טקסונומית
ניתוח גיוון אלפא: עקומת נידחות
ניתוח גיוון בטא: NMDS
ניתוח בין קבוצות: גילוי סמן ביולוגי של LEFSE
חקור את ההתקדמות שמאפשרת שירותי רצף האמפליקונים של BMKGene עם Illumina באמצעות אוסף של פרסומים.
Dong, C. et al. (2022) 'הרכבה, מיקרוביוטה ליבה ותפקוד של מיקרוביוטת הקרקע והקליפות של ריזוספרה ב-Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
לי, י. ועוד. (2023) 'השתלת קונסורציית חיידקים סינתטית לטיפול בוגינוזיס חיידקי הנגרמת על ידי Gardnerella vaginalis בעכברים', Microbiome, 11(1), עמ' 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) 'מיקרוביומים של אבק אוויר שנאספו במהלך ניסוי תמיכת חיים ביו-רגנרטיבי סגור על בסיס הקרקע "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), עמ'. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'שפע תלוי-מזון של גנים פונקציונליים הקשורים לטרנספורמציה של חנקן מבוקר אובדן חנקן בקומפוסטציה', Bioresource Technology, 361, עמ'. 127678. דוי: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
