Rappresentazione ridotta sequenziamento del bisolfito (RRBS)
La riduzione del sequenziamento del bisolfito di rappresentazione (RRBS) è emerso come alternativa conveniente ed efficiente al sequenziamento del bisolfito del genoma intero (WGBS) nella ricerca sulla metilazione del DNA. Mentre WGBS fornisce approfondimenti completi esaminando l'intero genoma alla risoluzione di una singola base, il suo costo elevato può essere un fattore limitante. RRBS mitiga strategicamente questa sfida analizzando selettivamente una porzione rappresentativa del genoma. Questa metodologia si basa sull'arricchimento delle regioni ricche di isole CPG mediante scissione MSPI seguita dalla selezione dimensionale di frammenti di 200-500/600 bps. Di conseguenza, vengono sequenziate solo le regioni prossimali alle isole CPG, mentre quelle con isole CPG distanti sono escluse dall'analisi. Questo processo, combinato con il sequenziamento del bisolfito, consente il rilevamento della metilazione del DNA ad alta risoluzione e l'approccio di sequenziamento, PE150, si concentra specificamente alle estremità degli inserti piuttosto che al centro, aumentando l'efficienza della profilazione della metilazione. L'RRBS è uno strumento inestimabile che consente una ricerca sulla metilazione del DNA economica e fa avanzare la conoscenza dei meccanismi epigenetici.
Caratteristiche del servizio
● Richiede un genoma di riferimento.
● Il DNA Lambda viene utilizzato per monitorare l'efficienza di conversione del bisolfito.
● Anche l'efficienza della digestione MSPI viene monitorata.
● Digestione a doppia enzima per campioni di piante.
● Sequenziamento su Illumina novaseq.
Vantaggi del servizio
●Alternativa conveniente ed efficiente a WGBS: Abilitazione dell'analisi l'esecuzione a un costo inferiore e con requisiti di campionamento più bassi.
●Piattaforma completa:Fornire un servizio unico eccellente dalla lavorazione del campione, dalla costruzione di libreria e dal sequenziamento all'analisi bioinformatica.
●Vasta competenza: Con i progetti di sequenziamento RRBS completati con successo in una vasta gamma di specie, BMKGENE porta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi e un eccellente supporto post-vendita.
Specifiche del servizio
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Output dei dati consigliato | Controllo di qualità |
| Biblioteca digerita MSPI e trattata con bisolfito | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversione del bisolfito> 99% Efficienza di taglio MSPI> 95% |
Requisiti del campione
| Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (µg) |
| |
| DNA genomico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degrado o contaminazione limitata |
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo di qualità del sequenziamento grezzo;
● Mappatura al genoma di riferimento;
● Rilevazione di basi metilate da 5 mc e identificazione del motivo;
● Analisi della distribuzione della metilazione e del confronto del campione;
● Analisi delle regioni differenziate metilate (DMR);
● Annotazione funzionale dei geni associati ai DMR.
Controllo di qualità: efficienza della digestione (nella mappatura del genoma)
Controllo di qualità: conversione del bisolfito (nell'estrazione di informazioni di metilazione)
Mappa della metilazione: distribuzione a livello del genoma della metilazione 5mc
Confronto del campione: analisi dei componenti principali
Analisi delle regioni metilate differenziali (DMR): mappa di calore
Esplora i progressi della ricerca facilitati dagli interi servizi di sequenziamento del bisolfito del genoma di BMKGENE attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Li, Z. et al. (2022) "Riprogrammazione ad alta fedeltà in cellule simili a leydig mediante attivazione CRISPR e fattori di paracrina",Pnas nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pGAC179.
Tian, H. et al. (2023) "Analisi di metilazione del DNA a livello del genoma della composizione corporea nei gemelli monozigoti cinesi",European Journal of Clinical Investigation, 53 (11), p. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Y. et al. (2022) "Metilazione del DNA e rapporto vita-hip: uno studio di associazione a livello di epigenoma nei gemelli monozigoti cinesi",Journal of Endocrinological Investigation, 45 (12), pagg. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
