Sequenziamento dell'RNA procariotico
Caratteristiche
● L'elaborazione del campione di RNA ha comportato l'esaurimento dell'RRNA seguito dalla preparazione della libreria di RNA direzionale.
● Analisi bioinformatica basata sull'allineamento a un genoma di riferimento
● L'analisi include l'espressione genica e i DEG ma anche la struttura di trascrizione e l'analisi SRNA
Vantaggi del servizio
●Controllo di qualità rigoroso: implementiamo i punti di controllo di base in tutte le fasi, dalla preparazione di campioni e libreria al sequenziamento e alla bioinformatica. Questo meticoloso monitoraggio garantisce la consegna di risultati costantemente di alta qualità.
●Dati di sequenziamento specifici del filo: a causa della preparazione della libreria dell'RNA direzionale, consentendo l'identificazione di trascrizioni anti-sense.
●Analisi completa su misura per i trascrittomi procariotici: La pipeline bioinformatica include non solo l'analisi dell'espressione genica, ma anche l'analisi della struttura della trascrizione, inclusa l'identificazione di operoni, UTR e promotori. Include anche l'analisi degli SRNA, vale a dire l'annotazione e la previsione della struttura e degli obiettivi secondari.
●Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per affrontare eventuali domande relative ai risultati.
Requisiti di esempio e consegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| biblioteca direzionale impoverita di rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Requisiti del campione:
| CONC. (NG/μL) | Importo (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Contaminazione da proteina o DNA limitata o nessuna mostrata su gel. | RIN≥6.5 |
Consegna del campione consigliata
Contenitore: tubo di centrifuga da 2 ml (foglio di stagno non è raccomandato)
Etichettatura del campione: gruppo+replicare EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. ICE a secco: i campioni devono essere imballati in borse e sepolti in ghiaccio a secco.
2. Tubi rnastable: i campioni di RNA possono essere essiccati nel tubo di stabilizzazione dell'RNA (EG RNastable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Flusso di lavoro di analisi bioinformatica
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Allineamento al genoma di riferimento
● Valutazione della qualità della libreria: casualità di frammentazione dell'RNA, dimensioni di inserimento e saturazione di sequenziamento
● Annotazione funzionale dei geni codificanti previsti
● Analisi dell'espressione: correlazione e analisi dei componenti principali (PCA)
● Espressione genica differenziale (DEG)
● Annotazione funzionale e arricchimento di DEG
● Analisi SRNA: previsione previsione, annotazione, target e struttura secondaria
● Analisi della struttura della trascrizione: operoni, posizioni di avvio e finale, regione non tradotta (UTS), promotore e analisi SNP/indel
Saturazione di sequenziamento
Annotazione funzionale dei geni codificanti
Correlazione tra campioni
Analisi dei geni espressi differenziali (DEG)
Analisi di arricchimento funzionale
annotazione sRNA
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera di BMKgene in questa pubblicazione in primo piano.
Guan, CP et al. (2018) "Cambiamenti globali del trascrittoma di Staphylococcus epidermidis che formano biofilm che rispondono agli alcaloidi totali di Sophorea alopecuroides",Journal of Microbiology polacco, 67 (2), p. 223. Doi: 10.21307/PJM-2018-024.
