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BMKMANU S3000_Trascrittoma spaziale
La trascrittomica spaziale è all’avanguardia nell’innovazione scientifica e consente ai ricercatori di approfondire intricati modelli di espressione genetica all’interno dei tessuti preservandone al tempo stesso il contesto spaziale. Tra varie piattaforme, BMKGene ha sviluppato il chip di trascrittoma spaziale BMKManu S3000, che vanta una risoluzione migliorata di 3,5 µm, raggiungendo la gamma subcellulare e consentendo impostazioni di risoluzione multilivello. Il chip S3000, caratterizzato da circa 4 milioni di spot, utilizza micropozzetti stratificati con perline caricate con sonde di cattura con codice a barre spaziali. Una libreria di cDNA, arricchita con codici a barre spaziali, viene preparata dal chip S3000 e successivamente sequenziata sulla piattaforma Illumina NovaSeq. La combinazione di campioni con codici a barre spaziali e UMI garantisce l'accuratezza e la specificità dei dati generati. Il chip BMKManu S3000 è estremamente versatile e offre impostazioni di risoluzione multilivello che possono essere regolate con precisione in base ai diversi tessuti e ai livelli di dettaglio desiderati. Questa adattabilità posiziona il chip come una scelta eccezionale per diversi studi di trascrittomica spaziale, garantendo un clustering spaziale preciso con un rumore minimo. L'uso della tecnologia di segmentazione cellulare con BMKManu S3000 consente la delimitazione dei dati trascrizionali fino ai confini delle cellule, ottenendo un'analisi che ha un significato biologico diretto. Inoltre, la migliore risoluzione di S3000 si traduce in un numero maggiore di geni e UMI rilevati per cellula, consentendo un'analisi molto più accurata dei modelli di trascrizione spaziale e del clustering delle cellule.
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Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo
Lo sviluppo di tecniche di cattura di singole cellule e di costruzione di librerie personalizzate, abbinato al sequenziamento ad alto rendimento, ha rivoluzionato gli studi sull'espressione genica a livello cellulare. Questa svolta consente un’analisi più approfondita e completa di popolazioni cellulari complesse, superando i limiti associati alla media dell’espressione genica su tutte le cellule e preservando la vera eterogeneità all’interno di queste popolazioni. Sebbene il sequenziamento dell'RNA a cellula singola (scRNA-seq) presenti innegabili vantaggi, incontra sfide in alcuni tessuti in cui la creazione di una sospensione unicellulare si rivela difficile e richiede campioni freschi. Noi di BMKGene affrontiamo questo ostacolo offrendo il sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo (snRNA-seq) utilizzando la tecnologia all'avanguardia 10X Genomics Chromium. Questo approccio amplia lo spettro di campioni suscettibili di analisi del trascrittoma a livello di singola cellula.
L'isolamento dei nuclei avviene tramite l'innovativo chip 10X Genomics Chromium, caratterizzato da un sistema microfluidico a otto canali con doppi incroci. All'interno di questo sistema, le perle di gel che incorporano codici a barre, primer, enzimi e un singolo nucleo sono incapsulate in gocce di olio delle dimensioni di un nanolitro, formando Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Dopo la formazione del GEM, all'interno di ciascun GEM si verificano la lisi cellulare e il rilascio del codice a barre. Successivamente, le molecole di mRNA subiscono la trascrizione inversa in cDNA, incorporando codici a barre 10X e identificatori molecolari univoci (UMI). Questi cDNA vengono quindi sottoposti alla costruzione di librerie di sequenziamento standard, facilitando un'esplorazione approfondita e completa dei profili di espressione genica a livello di singola cellula.
Piattaforma: 10× Genomics Chromium e piattaforma Illumina NovaSeq
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10x trascrittoma spaziale Genomics Visium
La trascrittomica spaziale è una tecnologia all’avanguardia che consente ai ricercatori di studiare i modelli di espressione genetica all’interno dei tessuti preservandone il contesto spaziale. Una potente piattaforma in questo ambito è 10x Genomics Visium abbinato al sequenziamento Illumina. Il principio di 10X Visium si basa su un chip specializzato con un'area di cattura designata in cui vengono posizionate le sezioni di tessuto. Quest'area di cattura contiene punti con codice a barre, ciascuno corrispondente a una posizione spaziale unica all'interno del tessuto. Le molecole di RNA catturate dal tessuto vengono quindi etichettate con identificatori molecolari univoci (UMI) durante il processo di trascrizione inversa. Questi punti con codice a barre e UMI consentono una mappatura spaziale precisa e una quantificazione dell'espressione genica con una risoluzione di singola cellula. La combinazione di campioni con codici a barre spaziali e UMI garantisce l'accuratezza e la specificità dei dati generati. Utilizzando questa tecnologia di trascrittomica spaziale, i ricercatori possono acquisire una comprensione più profonda dell'organizzazione spaziale delle cellule e delle complesse interazioni molecolari che si verificano all'interno dei tessuti, offrendo informazioni preziose sui meccanismi alla base dei processi biologici in molteplici campi, tra cui oncologia, neuroscienze, biologia dello sviluppo, immunologia. e studi botanici.
Piattaforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
