Mappa termica
Lo strumento HeatMap accetta un file di dati Matrix come input e consente agli utenti di filtrare, normalizzare e cluster dati. Il caso di utilizzo primario per le mappe di calore è l'analisi del cluster del livello di espressione genica tra diversi campioni.
Annotazione genica
Lo strumento di annotazione genica esegue l'annotazione genetica in base all'allineamento della sequenza dei file FASTA di input contro vari database.
Strumento di ricerca di allineamento locale di base (BLAST)
Lo strumento BLAST è una versione integrata BMKCloud di NCBI BLAST e può essere utilizzato per eseguire le stesse funzioni utilizzando i dati caricati sull'account BMKCloud.
Previsione CDS_UTR
Lo strumento di previsione CDS_UTR è progettato per prevedere le regioni di codifica (CDS) e le regioni non codificanti (UTR) in determinate sequenze di trascrizione basate sui risultati di esplosione contro i database proteici noti e gli esiti di previsione ORF.
Trama di Manhattan
Lo strumento del diagramma di Manhattan consente la visualizzazione di esperimenti di campioni elevati ed è comunemente usato negli studi di associazione a livello del genoma (GWAS).
Diagramma di circo
Lo strumento del diagramma Circos fornisce una visualizzazione efficiente di come la caratteristica genomica viene distribuita in tutto il genoma. Le caratteristiche comuni includono loci quantitativi, SNP, indels, varianti di numero strutturale e di copia.
Gene Ontology (Go) Arricchment
Lo strumento di arricchimento GO fornisce analisi di arricchimento funzionale. Il software primario in questo strumento è il pacchetto Topgo-Bioconductor, che include l'analisi dell'espressione differenziale, l'analisi dell'arricchimento di GO e la visualizzazione dei risultati.
Analisi della rete di co-espressione genica ponderata (WGCNA)
WGCNA è un metodo di data mining ampiamente utilizzato per scoprire i moduli di co-espressione genica. È applicabile a vari set di dati di espressione, inclusi i dati di espressione genica di microarray e NGS.
Interproscan
Lo strumento Interproscan fornisce analisi e classificazione della sequenza proteica InterPro.
Go kegg arricchimento
Lo strumento di arricchimento GO KEGG è progettuale per generare un istogramma di arricchimento GO, istogramma di arricchimento KEGG e percorso di arricchimento KEGG basato su un set genico fornito e l'annotazione corrispondente.