Sequenziamento dell'intero genoma di piante/animali
Caratteristiche del servizio
● La preparazione delle librerie può essere standard o priva di PCR
● Disponibile in 4 piattaforme di sequenziamento: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 o PacBio Revio.
● Analisi bioinformatica focalizzata sulla rilevazione delle varianti: SNP, InDel, SV e CNV
Vantaggi del servizio
●Vasta esperienza e record di pubblicazioni: L'esperienza accumulata nel sequenziamento del genoma di oltre 1.000 specie ha portato alla pubblicazione di oltre 1.000 casi pubblicati con un fattore di impatto cumulativo superiore a 5.000.
●Analisi bioinformatica completa: Inclusa la chiamata di variazione e l'annotazione della funzione.
● Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.
●Annotazione completa: Utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni con variazioni identificate ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti su molteplici progetti di ricerca.
Specifiche del servizio
| Varianti da identificare | Strategia di sequenziamento | Profondità consigliata |
| SNP e InDel | Illumina NovaSeq PE150 o MGI T7 | 10x |
| SV e CNV (meno precisi) | 30x | |
| SV e CNV (più precisi) | Promuovere i nanopori P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV e CNV | PacBio Revio | 10x |
Requisiti del campione
| Acidi nucleici tissutali o estratti | Illumina/MGI | Nanoporo | PacBio
| ||
| Visceri animali | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Muscolo animale | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangue di mammiferi | 1,5 ml | ≥ 0,5ml
| ≥ 5ml
| ||
| Sangue di pollame/pesce | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5ml
| |||
| Pianta: foglia fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cellule in coltura |
| ≥1x107
| ≥1x108
| ||
| Insetto Tessuti molli/Individuo | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA estratto
| Concentrazione: ≥ 1 ng/μL Quantità: ≥ 30 ng Degrado o contaminazione limitati o assenti
| Concentrazione Quantità
OD260/280
OD260/230
Degrado o contaminazione limitati o assenti
| ≥ 40 ng/μL 4 µg/cella a flusso/campione
1.7-2.2
≥1,5 | Concentrazione Quantità
OD260/280
OD260/230
Degrado o contaminazione limitati o assenti | ≥ 50 ng/μL 10 µg/cella a flusso/campione
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparazione della libreria senza PCR: Concentrazione≥ 40 ng/μL Quantità≥ 500 ng | |||||
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Estrazione del DNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Consegna dei dati
Include la seguente analisi:
- Controllo della qualità dei dati grezzi
- Statistiche di allineamento al genoma di riferimento
- Identificazione delle varianti: SNP, InDel, SV e CNV
- Annotazione funzionale delle varianti
Statistiche di allineamento al genoma di riferimento – distribuzione della profondità di sequenziamento
Chiamata SNP tra più campioni
Identificazione InDel: statistiche della lunghezza InDel nella regione CDS e nella regione dell'intero genoma
Distribuzione delle varianti nel genoma – Circos plot
Annotazione funzionale dei geni con varianti identificate – Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) "Una glutatione S-transferasi GhTT19 determina la pigmentazione dei petali dei fiori regolando l'accumulo di antociani nel cotone", Plant Biotechnology Journal, 21(2), p. 433.doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "Il genoma selvatico dell'Hevea brasiliensis a livello di cromosoma fornisce nuovi strumenti per la selezione genomica assistita e loci preziosi per aumentare la resa della gomma", Plant Biotechnology Journal, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) "Il genoma dell'ostrica di estuario fornisce approfondimenti sull'impatto climatico e sulla plasticità adattiva", Communications Biology 2021 4:1, 4(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "L'analisi del genoma e dei cambiamenti di metilazione nei polli indigeni cinesi nel tempo fornisce informazioni sulla conservazione delle specie", Communications Biology, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
