Trascrittoma a lunghezza intera Pacbio

Il sequenziamento del trascrittoma a lunghezza intera PacBio, ISOSEQ, consente un'identificazione accurata delle isoforme della trascrizione, perdendo luce su poliadenilazione e giunzione alternative e portando a un'analisi dell'espressione genica più accurata. La pipeline del trascrittoma a lunghezza intera BMKCloud Pacbio è progettata per analizzare le librerie di cDNA sequenziate nella modalità di sequenziamento del consenso circolare (CCS) e identifica le sequenze non chimeriche a lunghezza intera (FLNC), che vengono quindi raggruppate in trascrizioni non ridondanti. Una successiva analisi Busco valuta la completezza dell'assemblaggio del trascrittoma. Dal trascrittoma assemblato, vengono eseguite analisi multiple: giunzione alternativa, semplice ripetizione di sequenza (SSR), previsione di lncRNA e corrispondenti geni target, previsione di nuovi geni, analisi della famiglia genica, analisi dei fattori di trascrizione e annotazione funzionale delle trascrizioni.