Soluzione di mRNA a lunghezza intera PacBio 2+3
Caratteristiche
● Progettazione dello studio:
Campione raggruppato sequenziato con PacBio per identificare le isoforme della trascrizione
Campioni separati (repliche e condizioni da testare) sequenziati conNGS per quantificare l'espressione della trascrizione
● Sequenziamento PacBio in modalità CCS, generando letture HiFi
● Sequenziamento delle trascrizioni integrali
● L'analisi non necessita di un genoma di riferimento; tuttavia, può essere impiegato
● L'analisi bioinformatica include non solo l'espressione a livello di geni e isoforme, ma anche l'analisi di lncRNA, fusioni geniche, poliadenilazione e struttura genica
Vantaggi
● Alta precisione: L'HiFi legge con una precisione >99,9% (Q30), paragonabile a NGS
● Analisi di splicing alternativo: il sequenziamento di tutte le trascrizioni consente l'identificazione e la caratterizzazione delle isoforme.
● Combinazione dei punti di forza di PacBio e NGS: consentendo la quantificazione dell'espressione a livello di isoforma, svelando il cambiamento che può essere mascherato quando si analizza l'intera espressione genica
● Vasta competenza: con un track record di completamento di oltre 1100 progetti di trascrittoma completo PacBio e di elaborazione di oltre 2300 campioni, il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto.
● Supporto post-vendita: il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Libreria CCS di mRNA arricchita con PolyA | PacBioSequel II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 MCC | Q30≥85% |
| Poli A arricchito | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nucleotidi
|
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| Biblioteca dell'Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DE260/280=1,7-2,5 DE260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Per gli impianti: RIN≥4,0; Per gli animali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevazione della linea di base limitata o assente |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | DE260/280=1,7-2,5 DE260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Piante: RIN≥7,5 Animali: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevazione della linea di base limitata o assente |
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (la carta stagnola non è consigliata)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. Ghiaccio secco:I campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Include la seguente analisi:
Controllo della qualità dei dati grezzi
Analisi alternativa della poliadenilazione (APA)
Analisi del trascritto di fusione
Analisi dello splicing alternativo
Analisi di benchmarking degli ortologhi universali a copia singola (BUSCO).
Analisi di trascritti innovativi: previsione di sequenze di codifica (CDS) e annotazione funzionale
Analisi lncRNA: previsione dell'lncRNA e dei target
Identificazione MicroSatellite (SSR)
Analisi dei trascritti differenzialmente espressi (DET).
Analisi dei geni differenzialmente espressi (DEG).
Annotazione funzionale di DEG e DET
Analisi BUSCO
Analisi dello splicing alternativo
Analisi alternativa della poliadenilazione (APA)
Geni differenzialmente espressi (DEG) e trascritti (analisi DETs9
Reti di interazione proteina-proteina di DET e DEG
Esplora i progressi facilitati dal sequenziamento di mRNA a lunghezza intera PacBio 2+3 di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Chao, Q. et al. (2019) "Le dinamiche di sviluppo del trascrittoma della radice del Populus", Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Cambiamenti dinamici nel contenuto di acido ascorbico durante lo sviluppo del frutto e la maturazione di Actinidia latifolia (un raccolto di frutta ricco di ascorbato) e i meccanismi molecolari associati", International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808.doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Previsione efficace dei geni della via biosintetica coinvolti nelle polifilline bioattive nella poliphylla di Parigi", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Analisi combinata PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq del trascrittoma della Tuta absoluta (Meyrick) e dei geni del citocromo P450", Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSETTI14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "Un'indagine sulla complessità del trascrittoma utilizzando l'analisi in tempo reale di una singola molecola PacBio combinata con il sequenziamento dell'RNA Illumina per una migliore comprensione della biosintesi dell'acido ricinoleico in Ricinus communis", BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
