mRNA-seq (NGS) con genoma di riferimento

mRNA-seq (NGS) con genoma di riferimento

RNA-seq è uno strumento standard attraverso la vita e le scienze delle colture, colmando il divario tra genomi e proteomi. La sua forza sta nella scoperta di nuove trascrizioni e nella quantificazione della loro espressione in un test. È ampiamente utilizzato per studi trascrittomici comparativi, perdendo luce sui geni correlati a vari tratti o fenotipi, come confrontare i mutanti con i tipi selvaggi o rivelare l'espressione genica in condizioni specifiche. L'app BMKCloud mRNA (riferimento) integra la quantificazione dell'espressione, l'analisi delle espressioni differenziali (DEG) e le analisi della struttura della sequenza nella pipeline di bioinformatica di mRNA-seq (NGS) e amalgama i punti di forza di software simili, garantendo comodità e facilità d'uso. Gli utenti possono caricare i loro dati RNA-seq sul cloud, in cui l'app offre una soluzione di analisi bioinformatica completa e unica. Inoltre, dà la priorità all'esperienza del cliente, offrendo operazioni personalizzate su misura per le esigenze specifiche degli utenti. Gli utenti possono impostare i parametri e inviare la missione della pipeline da soli, controllare il report interattivo, visualizzare dati/diagrammi e data mining completa, come: selezione del gene target, clustering funzionale, diagramma, ecc.

Risultati demo

Data mining

Requisito di importazione

Analisi principale

Riferimento

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Data mining

Requisito di importazione

Piattaforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-seq
Disposizione: Paried, data pulito.
Tipo di libreria:fr-non stretto, Fr-Firststrand o Fr-Secondstrand
Leggi la lunghezza:150 bp
Tipo di file:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. Il sistema lo faràAbbina automaticamente i file .fastq in base ai nomi dei file,EG *_1.fastq abbinato a *._ 2.fastq.
Numero di campioni:Non ci sono restrizioni sul numerodi campioni, ma il tempo di analisi aumenterà come il numero diI campioni cresce.
Importo dei dati consigliati:6G per campione

Analisi principale

I principali strumenti di analisi e bioinformatici di mRNA-seq (riferimento)La pipeline è la seguente:

1. Controllo di qualità Rawdata:

• Rimozione di sequenze di bassa qualità, sequenze di adattatori,ecc.;

• Strumenti: pipeline sviluppata interna;

2. Allineamento dei dati a un genoma di riferimento:

• Allineare le letture con un algoritmo consapevole della giunzione contro ilGenoma di riferimento.

•Utensili:Hisat2, Samtools

3. Analisi della qualità della biblioteca:

• Inserisci analisi della lunghezza, analisi di saturazione della sequenza, ecc.;

•Utensili:Samtools;

4. Analisi della struttura della sequenza:

• Analisi di giunzione alternativa, ottimizzazione della struttura genica,Nuova previsione genica, ecc.;

•Utensili:Stringtie, gffcompare, GATK,DIAMANTE, Interproscan, EHmmer.

5. Analisi dell'espressione differenziale:

• Screening Deg, analisi di co-relazioni, funzionalearricchimento;

•Vari risultati di visualizzazione;

•RconSegseq, DESEQ2, ggplot2, Dexseq

Riferimento

1. Kim, Daehwan et al. “Allineamento del genoma basato su grafici egenotipizzazione con Hisat2 e Hisat-Genotipo. "NaturaBiotecnologia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “The Genome Analysis Toolkit: aMapReduce Framework per l'analisi del DNA di prossima generazioneDati di sequenziamento. "Ricerca del genoma20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. “Il formato di allineamento/mappa della sequenza eSamtools. "Bioinformatica25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. “Stringtie abilita il miglioramentoLa ricostruzione di un trascrittoma da RNA-seq legge. "NaturaBiotecnologia33 (2015): 290-295.

5. Amore, Michael I. et al. “Stima moderata del cambiamento di piega eDispersione per dati RNA-seq con DESEQ2. "GenomaBiologia15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R .. "Profilo accelerato HMM Ricerche."PLoS Biologia computazionale7 (2011): n. pag.

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