Sequenziamento del trascrittoma a lunghezza intera basato su nanopori
Il sequenziamento dei nanopori si distingue dalle altre piattaforme di sequenziamento in quanto i nucleotidi vengono letti direttamente senza sintesi del DNA e genera letture lunghe a decine di kilobasi. Ciò consente la lettura diretta delle trascrizioni integrali e di affrontare le sfide negli studi trascrittomici.
√ Basso bias specifico della sequenza
√ Lettura completa del cDNA per studi sulla struttura del gene
√ Meno dati richiesti per coprire lo stesso numero di trascrizioni
√ Identificazione di più isoforme per gene
√ Quantificazione dell'espressione a livello di isoforma
Tipica pipeline di bioinformatica
Ultimi casi di successo con le tecnologie dei biomarcatori
1. Analisi comparative dei trascrittomi a lunghezza intera rivelano le dinamiche di sviluppo della radice di Gnetum luofuense
Rivista: Frontiere nella genetica
Pubblicato: marzo 2021
Parole chiave: MinION | Giunzioni alternative | APA | lncRNA | Trascrizioni differenzialmente espresse
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2. Movimento unidirezionale di piccoli RNA dai germogli alle radici negli eterotrapianti interspecifici
Diario: Piante naturali
Pubblicato: gennaio 2021
Parole chiave: nanoporo | Illumina | rilevamento di mRNA mobile a lunghezza intera
3. L'analisi del trascrittoma a lunghezza intera delle radici degli asparagi rivela il meccanismo molecolare della tolleranza al sale indotta dai funghi micorrizici arbuscolari
Rivista: Botanica ambientale e sperimentale
Pubblicato: gennaio 2021
Parole chiave: MinION | Trascrizioni differenzialmente espresse | Fattori di trascrizione | Splicing alternativo
4. Cambiamenti caratteristici fisiologici e trascrittoma completo delle radici e delle foglie della rosa (Rosa chinensis) in risposta allo stress da siccità
Rivista: Fisiologia vegetale e cellulare
Pubblicato: ottobre 2020
Parole chiave: PromethION | Trascrizioni differenzialmente espresse | Previsione funzionale | Isoforme giuntate | TF e lncRNA
5. Analisi e confronto completo tra PacBio e sequenziamento dell'RNA basato su nanopori del trascrittoma di Arabidopsis
Rivista: metodo vegetale
Pubblicato: aprile 2020
Parole chiave: GridION | PromethION | Sequel di PacBio | Illumina NovaSeq | Allineamento del genoma | Identificazione della trascrizione | Giunzioni alternative | RSS | LncRNA | Quantificazione delle isoforme
Novità e punti salienti mira a condividere gli ultimi casi di successo con Biomarker Technologies, catturando nuovi risultati scientifici e tecniche importanti applicate durante lo studio.
Orario di pubblicazione: 08 gennaio 2022