Assemblaggio del genoma T2T, genoma libero
1stDue genomi di riso1
Titolo: Assembly e convalida di due genomi di riferimento senza gap per il riso Xian/Indica rivela approfondimenti sull'architettura centromere vegetale
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Tempo pubblicato: 01 gennaio 2021.
Institute: Huazhong Agricultural University, Cina
Materiali
O. Sativa Xian/IndicaVarietà di riso 'Zhenshan 97 (ZS97)' e 'Minghui 63 (MH63)
Strategia di sequenziamento
NGS legge + Hifi Reads + Clr Reads + Bionano + Hi-C
Dati:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） HIFI Legge + 48,39 GB (~ 131x) CLR legge + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRYS CELLE
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI legge + 48,97 GB (~ 132x) CLR legge + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano IRYS CELLE
Figura 1 Due genomi senza gap di riso (MH63 e ZS97)
2ndGenoma di banana2
Titolo: cromosomi di banana da telomere a telomere di banana usando il sequenziamento di nanopori
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Tempo pubblicato: 17 aprile 2021.
Institute: Université Paris-Saclay, Francia
Materiali
Doppio aploideMusa acuminatasppmalaccensis(Dh-pahang)
Strategia e dati di sequenziamento:
Modalità HISEQ2500 PE250+ Minion/ Prometion (93 GB, ~ 200x)+ Mappa ottica (DLE-1+ BSPQ1)
Tabella 1 Confronto di Musa acuminata (DH-Pahang) Genome Assemblee
Figura 2 Confronto di architettura dei genomi Musa
3rdPhaeodactylum tricornutum genoma3
Titolo: Assemblaggio del genoma telomere-telomero diP
Haeodactylum tricontum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Tempo pubblicato: 04 maggio 2021
Institute: Western University, Canada
Materiali
Phaeodactylum tricontum(Collezione culturale di alghe e protozoa CCAP 1055/1)
Strategia e dati di sequenziamento:
1 cella di flusso del servitore di nanopore Oxford + A 2 × 75 Mid-output di fascia alta successiva 550 Run run
Figura 3 flusso di lavoro per l'assemblaggio del genoma telomere-telomero
4thGenoma CHM13 umano4
Titolo: La sequenza completa di un genoma umano
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Tempo pubblicato: 27 maggio 2021
Institute: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiali: linea cellulare CHM13
Strategia e dati di sequenziamento:
Sequenziamento di consenso circolare di 30 × Pacbio (HIFI), sequenziamento Ultra-Long Read di Oxford a nanopori Oxford, sequenziamento senza PCR 100 × Illumina (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), Bionano Optical Maps, e Strand-seq
Tabella 2 Confronto di GRCH38 e T2T-CHM13 Assemblee del genoma umano
Riferimento
1.Sergey Nurk et al. La sequenza completa di un genoma umano. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Carolina Belser et al. Cromosomi di banana da telomere a telomero di banana usando il sequenziamento di nanopori. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Assemblaggio del genoma del telomere-telomero di Phaeodactylum triconutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. L'assemblaggio e la convalida di due genomi di riferimento senza gap per il riso Xian/Indica rivelano approfondimenti sull'architettura centromere vegetale. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Tempo post: gennaio-06-2022