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Assemblaggio su scala cromosomica e analisi del genoma di colture di biomassa miscanthus luutarioripario

Sequenziamento di nanopori | Illumina | Hi-c | RNA-Sequencing | Filogenesi

In questo studio, Biomarker Technologies ha fornito supporto tecnico sul sequenziamento dei nanopori, l'assemblaggio del genoma de novo, l'assemblaggio assistito hi-C, ecc.

Astratto

Miscanthus, una pianta perenne rizomatosa, ha un grande potenziale per la produzione di bioenergia per la sua elevata biomassa e tolleranza allo stress. Segnaliamo un assemblaggio su scala cromosomica diMiscanthus LutariorioriusGenoma combinando il sequenziamento di nanopori di Oxford e le tecnologie HI-C. L'assemblaggio da 2,07 gb copre il 96,64% del genoma, con contig N50 di 1,71 MB. Le sequenze di centromere e telomeri sono assemblate per tutti i 19 cromosomi e il cromosoma 10, rispettivamente. L'origine altetraploide del M. lutuarioriorius è configurata usando ripetizioni satellitari centromeriche. Sono chiaramente dimostrate la struttura del genoma tetraploide e diversi riarrangiamenti cromosomici rispetto al sorgo. Geni duplicati in tandem diM. Lutaririoriussono arricchiti funzionali non solo in termini correlati alla risposta allo stress, ma alla biosintesi della parete cellulare. Le famiglie geniche legate alla resistenza alle malattie, alla biosintesi delle pareti cellulari e al trasporto di ioni metallici sono notevolmente ampliate ed evolute. L'espansione di queste famiglie può essere una base genomica importante per il miglioramento di straordinari tratti diM. Lutaririorius.

Statistiche chiave dell'assemblaggio del genoma

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Figura. Panoramica dell'assemblea del genoma di M. luutarioripario

Notizie e punti salienti Mira a condividere gli ultimi casi di successo con le tecnologie biomarker, catturando nuovi risultati scientifici e tecniche di spicco applicate durante lo studio.


Tempo post: gennaio-05-2022

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