Le isoforme alternative complesse e variabili negli organismi sono importanti meccanismi genetici per la regolazione dell'espressione genica e della diversità proteica. L'identificazione accurata delle strutture della trascrizione è la base per uno studio approfondito dei modelli di regolazione dell'espressione genica. La piattaforma di sequenziamento dei nanopori ha portato con successo lo studio trascrittomico a livello di isoforme. Questa piattaforma di analisi è progettata per analizzare i dati RNA-Seq generati sulla piattaforma Nanopore sulla base del genoma di riferimento, ottenendo analisi qualitative e quantitative sia a livello di gene che a livello di trascrizioni.