Trascrittoma a full-lunghezza di nanopori

Il sequenziamento del trascrittoma di nanopore è un metodo potente per il sequenziamento di CDNA a lunghezza intera, identificando e quantificando accuratamente isoforme di trascrizione. La pipeline del trascrittoma a tutta lunghezza di nanopori BMKCloud è progettata per analizzare i dati RNA-seq generati sulla piattaforma di nanopori contro un genoma di riferimento ben annoiato di alta qualità, fornendo analisi qualitative e quantitative sia a livello di gene e di trascrizione. Dopo il controllo di qualità, vengono ottenute sequenze non chimeriche a lunghezza intera (FLNC) e le sequenze di consenso vengono mappate al genoma di riferimento per rimuovere le trascrizioni ridondanti. Da questo set di trascrizioni, l'espressione viene quantificata e espressi in modo differenziato geni e trascrizioni vengono identificati e annotati funzionalmente. La pipeline include anche analisi di poliadenilazione alternativa (APA), analisi di giunzione alternativa, analisi di ripetizione di sequenza semplice (SSR), previsione di lncRNA e obiettivi corrispondenti, previsione di sequenze di codifica (CD), analisi della famiglia genica, analisi dei fattori di trascrizione, previsione di nuovi geni e annotazione funzionale delle trascrizioni.