mRNA-seq (NGS) – De novo

Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione di tutti i trascritti dell'mRNA nelle cellule in condizioni specifiche ed è una tecnologia ampiamente utilizzata in varie aree di ricerca. La pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq è progettata per analizzare librerie di sequenziamento arricchite di poli-A quando non è disponibile alcun genoma di riferimento. La pipeline inizia con il controllo qualità, seguito dade novoassemblaggio del trascritto e selezione del set unigene. L'analisi della struttura unigenica prevede la sequenza codificante (CDS) e le ripetizioni di sequenze semplici (SSR). Successivamente, l'analisi dell'espressione differenziale rileva geni differenzialmente espressi (DEG) tra le condizioni testate, seguiti da annotazione funzionale e arricchimento di DEG per estrarre informazioni biologiche.