lncrna

Gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) sono RNA più lunghi di 200 nucleotidi con un basso potenziale di codifica ma con funzioni regolatorie critiche. La pipeline lncRNA di BMKCloud è progettata per analizzare librerie impoverite di rRNA con un genoma di riferimento di alta qualità e ben annotato, analizzando insieme l'espressione di lncRNA e mRNA. Dopo il taglio delle letture e il controllo di qualità, le letture vengono allineate al genoma di riferimento per assemblare le trascrizioni e la successiva analisi della struttura genetica rivela splicing alternativo e nuovi geni. Le trascrizioni vengono identificate come mRNA o lncRNA e l'analisi dell'espressione differenziale identifica gli lncRNA differenzialmente espressi, i loro target e i geni differenzialmente espressi (DEGS). Sia i DEG che i target lncRNA espressi in modo differenziale sono annotati funzionalmente per trovare categorie funzionali arricchite.