Lo studio di associazione sull'intero genoma (GWAS) mira a identificare varianti genetiche (genotipo) associate a tratti specifici (fenotipo). Gli studi GWA indagano i marcatori genetici che attraversano l'intero genoma di un gran numero di individui e prevedono associazioni genotipo-fenotipo mediante analisi statistica a livello di popolazione. Il risequenziamento dell’intero genoma può potenzialmente scoprire tutte le varianti genetiche. Insieme ai dati fenotipici, il GWAS può essere elaborato per identificare SNP, QTL e geni candidati correlati al fenotipo, il che sostiene fortemente la moderna selezione di animali/piante. SLAF è una strategia di sequenziamento del genoma semplificata auto-sviluppata, che scopre marcatori distribuiti sull'intero genoma, SNP. Questi SNP, come marcatori genetici molecolari, possono essere elaborati per studi di associazione con tratti mirati. È una strategia economicamente vantaggiosa per identificare tratti complessi associati a variazioni genetiche.
