Analisi mRNA eucariotica (opzioni di riferimento e de novo disponibili)
Questa pipeline utilizza i dati NGS RNA-seq come input e produce risultati da più analisi a valle, tra cui ma non limitato a: valutazione della qualità dei dati di sequenziamento,de novoAnnotazione del sito di trascrizione, analisi di giunzione variabile, analisi dell'espressione differenziale, annotazione della funzione e analisi di arricchimento.
Analisi dell'RNA a lungo non codificante
Gli RNA non codificanti lunghi (LNCRNA) sono trascrizioni non codificanti con lunghezze più lunghe di 200 nt e noti per svolgere ruoli nell'organizzazione e nella regolamentazione della cromatina. Le tecnologie di sequenziamento ad alto rendimento e bioinformatiche hanno autorizzato la nostra comprensione delle sequenze di lncRNA e le informazioni di posizionamento per identificare gli LNCRNA con funzioni regolatorie cruciali. Questa pipeline fornisce analisi LNCRNA oltre alle analisi menzionate nella pipeline di analisi dell'mRNA eucariotica.
16S/18S/il suo sequenziamento di amplicon
La pipeline di analisi della diversità microbica di sequenziamento di amplicon è stata sviluppata in base a anni di esperienza nell'analisi del progetto di diversità microbica. La pipeline contiene analisi di base standardizzate, che copre il contenuto di analisi tradizionale dell'attuale ricerca microbica e analisi personalizzata. Il rapporto di analisi è ricco e completo, con la possibilità di eseguire diverse analisi personali. Inoltre, campioni e gruppi possono essere modificati al volo per ulteriore personalizzazione e controllo.
Analisi della metagenomica del fucile da caccia
La pipeline di analisi metagenomica del fucile da caccia utilizza dati NGS da materiali genomici misti estratti da campioni ambientali. Le analisi incluse forniscono informazioni dettagliate sulla diversità e l'abbondanza delle specie, la struttura della popolazione, la relazione filogenetica, i geni funzionali e le reti di correlazione con fattori ambientali.
Analisi variante NGS-WGS
L'analisi della variante NGS-WGS è una pipeline di rilevamento variante integrata che esegue il controllo della qualità dei dati, l'allineamento di sequenza, l'annotazione e l'analisi della mutazione genica. La pipeline segue le migliori pratiche GATK per il rilevamento di SNP e Indel e utilizza Manta per la chiamata delle varianti strutturali.
Genome Wide Association Study (GWAS)
La pipeline GWAS è un'analisi a valle che assume file VCF precedentemente generati e dati di fenotipo corrispondenti per una coorte di individui come input. Usando metodologie statistiche specifiche, GWAS mira a scoprire variazioni nucleotidiche a livello del genoma correlate alle differenze fenotipiche. Ha un ruolo cruciale nell'esplorazione di geni funzionali associati a malattie umane complesse e tratti intricati nelle piante e negli animali.
Analisi di segregazione in blocco (BSA)
L'analisi BSA prevede un raggruppamento di individui con tratti fenotipici estremi di una popolazione segregatrice. Confrontando i loci differenziali tra i campioni aggregati, questo approccio identifica rapidamente marcatori molecolari strettamente collegati associati ai geni target. Ampiamente utilizzato nella mappatura genetica di piante e animali, è uno strumento prezioso per l'allevamento assistito da marcatori.
Analisi della genetica evolutiva
L'analisi della genetica evolutiva del flusso di lavoro sfrutta la vasta esperienza di BMKGENE nei progetti di evoluzione genetica e comprende la costruzione di alberi filogenetici, l'analisi dello squilibrio del legame, la valutazione della diversità genetica, l'identificazione selettiva, l'analisi della parentela, l'analisi dei componenti principali e la caratterizzazione della struttura della popolazione.
