Genetica evolutiva
Vantaggi del servizio
Takagi et al.,Il diario delle piante, 2013
●Analisi bioinformatica completa:consentendo la stima della diversità genetica, che riflette il potenziale evolutivo delle specie, e rivelando una relazione filogenetica affidabile tra le specie con un'influenza ridotta al minimo dell'evoluzione convergente e dell'evoluzione parallela
●Analisi personalizzata opzionale: come la stima del tempo e della velocità di divergenza in base alle variazioni a livello di nucleotidi e aminoacidi.
●Vasta esperienza e record di pubblicazioni: BMKGene ha accumulato una vasta esperienza in progetti di genetica demografica ed evolutiva per oltre 15 anni, coprendo migliaia di specie, ecc. e ha contribuito a oltre 1000 progetti di alto livello pubblicati su Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ecc.
● Team bioinformatico altamente qualificato e ciclo di analisi breve: con una grande esperienza nell'analisi genomica avanzata, il team di BMKGene fornisce analisi complete con tempi di consegna rapidi.
● Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.
Specifiche e requisiti del servizio
| Tipo di sequenziamento | Scala di popolazione consigliata | Strategia di sequenziamento | Requisiti nucleotidici |
| Sequenziamento dell'intero genoma | ≥ 30 individui, con ≥ 10 individui per ciascun sottogruppo
| 10x | Concentrazione: ≥ 1 ng/μL Importo totale ≥ 30 ng Degrado o contaminazione limitati o assenti |
| Frammento amplificato con locus specifico (SLAF) | Profondità dell'etichetta: 10x Numero di tag: <400 Mb: si consiglia WGS <1 Gb: 100.000 tag 1 GB >2Gb: 300.000 tag Massimo 500.000 tag | Concentrazione ≥ 5 ng/μL Quantità totale ≥ 80 ng Nanogoccia OD260/280=1,6-2,5 Gel di agarosio: degradazione o contaminazione assente o limitata
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Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Il servizio include l'analisi della struttura della popolazione (albero filogenetico, PCA, carta di stratificazione della popolazione), diversità della popolazione e selezione della popolazione (disequilibrio di collegamento, selezione selettiva di siti vantaggiosi). Il servizio può comprendere anche analisi personalizzate (ad es. tempo di divergenza, flusso genico).
*I risultati dimostrativi mostrati qui provengono tutti da genomi pubblicati con BMKGENE
1.L'analisi dell'evoluzione contiene la costruzione dell'albero filogenetico, della struttura della popolazione e del PCA in base alle variazioni genetiche.
L'albero filogenetico rappresenta le relazioni tassonomiche ed evolutive tra specie con antenato comune.
La PCA mira a visualizzare la vicinanza tra le sottopopolazioni.
La struttura della popolazione mostra la presenza di sottopopolazioni geneticamente distinte in termini di frequenze alleliche.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Scansione selettiva
La scansione selettiva si riferisce a un processo mediante il quale viene selezionato un sito vantaggioso e le frequenze dei siti neutrali collegati vengono aumentate e quelle dei siti non collegati vengono diminuite, con conseguente riduzione della regionale.
Il rilevamento dell'intero genoma su regioni di scansione selettive viene elaborato calcolando l'indice genetico della popolazione (π, Fst, D di Tajima) di tutti gli SNP all'interno di una finestra scorrevole (100 Kb) a un determinato passaggio (10 Kb).
Diversità nucleotidica (π）
D. di Tajima
Indice di fissazione (Fst)
Wu, et. al.,Pianta molecolare, 2018
3.Flusso genico
Wu, et. al.,Pianta molecolare, 2018
4.Storia demografica
Zhang, et. al.,Ecologia&Evoluzione della Natura, 2021
5.Tempo di divergenza
Zhang, et. al.,Ecologia&Evoluzione della Natura, 2021
Esplora i progressi facilitati dai servizi di genetica evolutiva di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni:
Hassanyar, AK et al. (2023) "Scoperta di marcatori molecolari SNP e geni candidati associati alla resistenza al virus Sacbrood nelle larve di Apis cerana cerana mediante risequenziamento dell'intero genoma",Rivista internazionale di scienze molecolari, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "La scoperta di una salamandra gigante cinese selvatica e geneticamente pura crea nuove opportunità di conservazione",Ricerca zoologica, 2022, vol. 43, Numero 3, Pagine: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) "Modello filogeografico e storia dell'evoluzione della popolazione dell'Elymus sibiricus L. indigeno sull'altopiano del Qinghai-tibetano",Frontiere nella scienza delle piante, 13, pag. 882601.doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Approfondimenti genomici sull'evoluzione dei longan da un assemblaggio genomico a livello di cromosoma e genomica della popolazione delle accessioni di longan",Ricerca sull'orticoltura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
