Sequenziamento dell'mRNA eucariotico-NGS
Caratteristiche
● Cattura del polimRNA prima della preparazione della libreria
● Preparazione facoltativa della libreria di mRNA direzionale per consentire di ottenere dati di sequenziamento specifici del filamento
● Analisi bioinformatica dell'espressione genica e della struttura dei trascritti
Vantaggi
●Ampia competenza: Il nostro team ha elaborato oltre 600.000 campioni presso BMKgene, comprendendo diversi tipi di campioni come colture cellulari, tessuti e fluidi corporei. Apportiamo una vasta esperienza in ogni progetto e abbiamo completato con successo oltre 100.000 progetti mRNA-Seq in vari settori di ricerca.
●Controllo qualità rigoroso: Implementiamo punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni e delle librerie al sequenziamento e alla bioinformatica. Questo meticoloso monitoraggio garantisce la fornitura di risultati costantemente di alta qualità, assicurandoti che il tuo progetto sia in mani affidabili.
●Annotazione completa: Utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire le corrispondenti analisi di arricchimento. Questo approccio completo fornisce approfondimenti sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma, assicurandoti di essere pienamente informato sui risultati del tuo progetto.
●Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Poli A arricchito | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 GB | Q30≥85% |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità | |
| Libreria standard | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DE260/280=1,7-2,5 DE260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Per gli impianti: RIN≥4,0; Per gli animali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevazione della linea di base limitata o assente |
| Biblioteca direzionale | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DE260/280=1,7-2,5 DE260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Per gli impianti: RIN≥4,0; Per gli animali: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevazione della linea di base limitata o assente |
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
●Animale:
CUORE o Intestino: 300 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscolo: 450 mg
Ossa, capelli o pelle: 1 g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Crostacei: 300 mg
● Sangue intero: 1 tubo
● Celle: 106 cellule
Consegna del campione consigliata
Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (la carta stagnola non è consigliata)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2. Provette da tavolo per RNA: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
Eucariotico Flusso di lavoro dell'analisi del sequenziamento dell'mRNA
Bioinformatica
ØControllo della qualità dei dati grezzi
ØAllineamento del genoma di riferimento
ØAnalisi della struttura della trascrizione
ØQuantificazione dell'espressione
ØAnalisi dell'espressione differenziale
ØAnnotazione e arricchimento di funzioni
Allineamento del genoma di riferimento
Saturazione dei dati
Correlazione dei campioni e valutazione delle repliche biologiche
Geni differenzialmente espressi (DEG)
Annotazione funzionale dei DEG
Arricchimento funzionale dei DEG
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento dell'mRNA NGS eucariotico di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Huang, L. et al. (2023) "Il triclosan e il triclocarban indeboliscono la capacità olfattiva dei pesci rossi limitando il riconoscimento degli odori, interrompendo la trasduzione del segnale olfattivo e disturbando l'elaborazione delle informazioni olfattive", Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) "Aspergillus fumigatus dirotta il p11 umano per reindirizzare i fagosomi contenenti funghi verso un percorso non degradativo", Cell Host & Microbe, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) "Fattori di trascrizione TCP coinvolti nello sviluppo dei germogli del bambù Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)", Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443.doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) "Il genoma del Chrysanthemum lavandulifolium e il meccanismo molecolare alla base di diversi tipi di capolini", Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) "Un nanoreattore a cascata per migliorare la terapia sonodinamica sul cancro del colon-retto tramite l'aumento sinergico dei ROS e il blocco dell'autofagia", Nano Today, 49, p. 101798.doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
