Sequenziamento mRNA a lunghezza intera -pacbio
Caratteristiche
● Sintesi di cDNA dall'mRNA di poli-A seguito dalla preparazione della libreria
● Sequenziamento in modalità CCS, generando letture HIFi
● Sequenziamento delle trascrizioni a lunghezza intera
● L'analisi non richiede un genoma di riferimento; Tuttavia, può essere impiegato
● L'analisi bioinformatica consente l'analisi dell'isoforma delle trascrizioni lncRNA, fusioni geniche, poli-adenilazione e struttura genica
Vantaggi del servizio
●Alta precisione: HIFI legge con precisione> 99,9% (Q30), paragonabile a NGS
● Analisi di giunzione alternativa: Il sequenziamento di tutte le trascrizioni consente l'identificazione e la caratterizzazione dell'isoforma
●Vasta competenza: Con una esperienza nel completamento di oltre 1100 progetti di trascrittoma a figura intera PacBio ed elaborazione di oltre 2300 campioni, il nostro team porta una vasta esperienza in ogni progetto.
●Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per affrontare eventuali domande relative ai risultati.
Requisiti di esempio e consegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Biblioteca mRNA CCS arricchita Polya | PacBio Sequel II PacBio revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
● Piante:
Radice, stelo o petalo: 450 mg
Foglia o seme: 300 mg
Frutto: 1,2 g
● Animale:
Cuore o intestino: 300 mg
Visceri o cervello: 240 mg
Muscolo: 450 mg
Ossa, capelli o pelle: 1g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Crustacea: 300 mg
● sangue intero: 1 tubo
● Celle: 106 cellule
| CONC. (NG/μL) | Importo (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminazione da proteina o DNA limitata o nessuna mostrata su gel. | Per le piante: Rin≥7,5; Per gli animali: Rin≥8.0; 5,0≥ 28S/18S≥1.0; Elevazione limitata o non basale |
Consegna del campione consigliata
Contenitore: 2 ml di tubo di centrifuga (il foglio di stagno non è raccomandato)
Etichettatura del campione: gruppo+replicare EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizione:
1. ICE a secco: i campioni devono essere imballati in borse e sepolti in ghiaccio a secco.
2. Tubi rnastable: i campioni di RNA possono essere essiccati nel tubo di stabilizzazione dell'RNA (EG RNastable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro di servizio
Design dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione di RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Analisi alternativa di poliadenilazione (APA)
● Analisi della trascrizione della fusione
● Analisi di giunzione alternativa
● Analisi di benchmarking di ortologi universali a copia singola (BUSCO)
● Nuova analisi delle trascrizioni: previsione di sequenze di codifica (CD) e annotazione funzionale
● Analisi lncRNA: previsione di lncRNA e target
● Identificazione della microsatelite (SSR)
Analisi Busco
Analisi di giunzione alternativa
Analisi alternativa di poliadenilazione (APA)
Annotazione funzionale di nuove trascrizioni
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera di BMKgene in questa pubblicazione in primo piano.
Ma, Y. et al. (2023) "Analisi comparativa dei metodi di sequenziamento Pacbio e ONT RNA per l'identificazione del veleno di nemopilema nomurai", Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) "La dinamica dello sviluppo del trascrittoma STEM Populus", Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pagg. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Cambiamenti dinamici nel contenuto di acido ascorbico durante lo sviluppo della frutta e la maturazione di Actinidia latifolia (una coltura di frutta ricca di ascorbato) e i meccanismi molecolari associati", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. Doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. et al. (2022) "Previsione effettiva dei geni della via biosintetica coinvolti nelle polifylline bioattive nella polifylla di Parigi", Biologia delle comunicazioni 2022 5: 1, 5 (1), pagg. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Analisi combinate Pacbio Iso-Seq e Illumina RNA-seq del trascrittoma di Tuta Absoluta (Meyrick) e geni del citocromo p450", insetti, 14 (4), p. 363. Doi: 10.3390/insetti14040363/s1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un'indagine sulla complessità del trascrittoma usando analisi in tempo reale a molecola singola Pacbio combinata con il sequenziamento dell'RNA Illumina per una migliore comprensione della biosintesi dell'acido ricinoleico in Ricinus comuni', BMC Genomics, 20 (1), pagg. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
