Prodotti

*I risultati dimostrativi mostrati qui provengono tutti da genomi pubblicati con Biomarker Technologies

1. Stima del tempo di inserimento LTR: la figura mostra una distribuzione bimodale unica nei tempi di inserimento degli LTR-RT nel genoma della segale Weining, rispetto ad altre specie. Il picco più recente è apparso circa 0,5 milioni di anni fa.

Li Guang et al.,Genetica della natura, 2021

2. Analisi filogenetica e della famiglia genetica del chayote (Sechium edule): analizzando il chayote e le altre 13 specie correlate nella famiglia genetica, si è scoperto che il chayote è strettamente correlato alla zucca serpente (Trichosanthes anguina). Chayote derivato dalla zucca serpente in circa 27-45 Mya e la duplicazione dell'intero genoma (WGD) è stata osservata nel chayote in 25 ± 4 Mya, che è il terzo evento WGD nelle cucuibitaceae.

Fu A et al.,Ricerca sull'orticoltura, 2021

3. Analisi di sintesi: alcuni geni correlati ai fitormoni nello sviluppo del frutto sono stati trovati nel chayote, nella zucca serpente e nella zucca. La correlazione tra chayote e zucca è leggermente superiore a quella tra chayote e zucca serpente.

Fu A et al.,Ricerca sull'orticoltura, 2021

4. Analisi della famiglia genetica: l'arricchimento di KEGG sull'espansione e la contrazione della famiglia genetica nei genomi di G.thurberi e G.davidsonii ha dimostrato che i geni correlati alla biosintesi degli steroidi e alla biosintesi dei brassinosteroidi erano espansi.

Yang Z et al.,Biologia BMC, 2021

5. Analisi della duplicazione dell'intero genoma: l'analisi della distribuzione 4DTV e Ks ha mostrato l'evento di duplicazione dell'intero genoma. I picchi di intraspecie hanno mostrato eventi di duplicazione. Picchi di interspecie hanno mostrato eventi di speciazione. L'analisi ha indicato che, rispetto alle altre tre specie strettamente imparentate, O. europaea ha subito più recentemente una duplicazione genetica su larga scala.

Rao G et al.,Ricerca sull'orticoltura, 2021

Caso BMK

Rosa senza spine: intuizioni genomiche legate all'adattamento all'umidità

Pubblicato: Rassegna scientifica nazionale, 2021

Strategia di sequenziamento:

«BasyeSenza spine' (R.Wichurainan) genoma:
ca. 93 X PacBio + ca. 90 X nanopori + 267 X Illumina

Risultati chiave

1. Il genoma di R.wichuraiana di alta qualità è stato costruito utilizzando tecniche di sequenziamento a lettura lunga, che producono un assemblaggio di 530,07 Mb (la dimensione stimata del genoma era di circa 525,9 Mb mediante citometria a flusso e 525,5 mediante sondaggio del genoma; l'eterozigosità era di circa 1,03%). Il punteggio stimato da BUSCO era del 93,9%. Confrontando con "Old blush" (haploOB), la qualità e la completezza di questo genoma sono state confermate dall'accuratezza della base singola e dall'indice di assemblaggio LTR (LAI = 20,03). Il genoma di R.wichuraiana contiene 32.674 geni codificanti proteine.

2. L'analisi congiunta multi-omica, consistente in genomica comparativa, trascrittomica e analisi QTL della popolazione genetica, ha rivelato la speciazione cruciale tra R. wichuraiana e Rosa chinensis. Inoltre, è probabile che la variazione di espressione di geni correlati nel QTL sia associata al modello di puntura del gambo.

L'analisi genomica comparativa tra Basye's Thornless e Rosa chinensis, inclusa l'analisi della sintesi, il cluster della famiglia genetica, l'analisi dell'espansione e della contrazione, ha rivelato un gran numero di variazioni correlate ai tratti cruciali delle rose. L'espansione unica nella famiglia dei geni NAC e FAR1/FRS era molto probabilmente associata alla resistenza alla macchia nera.

Zhong, M., et al. “Rosa senza spine: approfondimenti genomici legati all’adattamento all’umidità”Rassegna scientifica nazionale, 2021;, nwab092.