CircRNA

Gli RNA circolari (circRNA) sono RNA non codificanti che formano strutture circolari e hanno molteplici ruoli regolatori, inclusa la competizione con i miRNA per i geni bersaglio e il legame con le proteine. La pipeline circRNA di BMKCloud è progettata per l'analisi di librerie impoverite di rRNA con un genoma di riferimento ben annotato e di alta qualità. L'analisi inizia con il ritaglio della lettura e il controllo di qualità, seguiti dall'allineamento della lettura al genoma di riferimento e dalla previsione di nuovi circRNA, insieme all'identificazione di circRNA noti dai database. I corrispondenti target miRNA e host circRNA vengono successivamente identificati. L'analisi dell'espressione differenziale rivela circRNA espressi in modo differenziale e gli ospiti corrispondenti vengono annotati funzionalmente per estrarre funzioni biologiche arricchite.