BMKMANU S3000_Trascrittoma spaziale
Schema tecnico del trascrittoma spaziale BMKMANU S3000
Caratteristiche
- Risoluzione: 3,5 µM
- Diametro del punto: 2,5 µM
- Numero di spot: circa 4 milioni
- 3 possibili formati dell'area di cattura: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
- Ogni cordone con codice a barre è caricata con primer composti da 4 sezioni:
• coda poli(dT) per il priming dell'mRNA e la sintesi del cDNA,
• Identificatore molecolare univoco (UMI) per correggere i bias di amplificazione
• Codice a barre spaziale
• Sequenza legante del primer di sequenziamento di lettura parziale 1
- Colorazione H&E e fluorescente delle sezioni
- Possibilità di utilizzare la tecnologia di segmentazione cellulare: integrazione della colorazione H&E, colorazione fluorescente e sequenziamento dell'RNA per determinare i confini di ciascuna cellula e assegnare correttamente l'espressione genica a ciascuna cellula. Elaborazione a valle Analisi di profilazione spaziale basata su cell bin.
- Possibilità di ottenere analisi con risoluzione multilivello: analisi multilivello flessibile che va da 100um a 3,5 um per risolvere diverse caratteristiche dei tessuti con una risoluzione ottimale.
Vantaggi di BMKMANU S3000
-Raddoppio dei punti di cattura a 4 milioni: con una risoluzione migliorata di 3,5 uM, che porta a un rilevamento più elevato di geni e UMI per cellula. Ciò si traduce in un migliore raggruppamento di cellule in base ai profili trascrizionali, con dettagli più fini che corrispondono alla struttura dei tessuti.
- Risoluzione subcellulare:Ciascuna area di cattura conteneva >2 milioni di spot spaziali con codice a barre con un diametro di 2,5 µm e una spaziatura di 5 µm tra i centri degli spot, consentendo l'analisi del trascrittoma spaziale con risoluzione subcellulare (5 µm).
-Analisi della risoluzione multilivello:Analisi multilivello flessibile che va da 100 μm a 5 μm per risolvere diverse caratteristiche dei tessuti con una risoluzione ottimale.
-Possibilità di utilizzare la tecnologia di segmentazione cellulare “Tre in uno”:Combinando la colorazione a fluorescenza, la colorazione H&E e il sequenziamento dell'RNA su un singolo vetrino, il nostro algoritmo di analisi "tre in uno" consente l'identificazione dei confini cellulari per la successiva trascrittomica basata sulle cellule.
-Compatibile con più piattaforme di sequenziamento: disponibili sia il sequenziamento NGS che quello a lettura lunga.
-Design flessibile con 1-8 aree di acquisizione attive: la dimensione dell'area di cattura è flessibile, essendo possibile utilizzare 3 formati (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm e 15 mm * 20 mm)
-Servizio unico: integra tutte le fasi basate sull'esperienza e sulle competenze, tra cui criosezionamento, colorazione, ottimizzazione dei tessuti, codifica a barre spaziale, preparazione delle librerie, sequenziamento e bioinformatica.
-Bioinformatica completa e visualizzazione intuitiva dei risultati:il pacchetto include 29 analisi e oltre 100 dati di alta qualità, combinati con l'uso di software sviluppato internamente per visualizzare e personalizzare la suddivisione cellulare e il clustering spot.
-Analisi e visualizzazione personalizzata dei dati: disponibile per diverse richieste di ricerca
-Team tecnico altamente qualificato: con esperienza in oltre 250 tipi di tessuti e oltre 100 specie tra cui esseri umani, topi, mammiferi, pesci e piante.
-Aggiornamenti in tempo reale sull'intero progetto: con il pieno controllo del progresso sperimentale.
-Analisi congiunta opzionale con sequenziamento dell'mRNA di una singola cellula
Specifiche del servizio
| Requisiti del campione | Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Campioni criogenici incorporati nell'OCT (Diametro ottimale: ca. 6×6×6 mm³) 2 blocchi per campione 1 per l'esperimento, 1 per il backup | Libreria di cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160.000 letture PE per 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Per ulteriori dettagli sulla guida alla preparazione dei campioni e sul flusso di lavoro del servizio, non esitate a parlare con aEsperto di BMKGENE
Flusso di lavoro del servizio
Nella fase di preparazione del campione, viene eseguita una prova iniziale di estrazione dell'RNA in massa per garantire che sia possibile ottenere un RNA di alta qualità. Nella fase di ottimizzazione del tessuto le sezioni vengono colorate e visualizzate e le condizioni di permeabilizzazione per il rilascio di mRNA dal tessuto vengono ottimizzate. Il protocollo ottimizzato viene quindi applicato durante la costruzione della libreria, seguito dal sequenziamento e dall'analisi dei dati.
Il flusso di lavoro completo del servizio prevede aggiornamenti in tempo reale e conferme del cliente per mantenere un ciclo di feedback reattivo, garantendo un'esecuzione regolare del progetto.
I dati generati da BMKMANU S3000 vengono analizzati utilizzando il software "BSTMatrix", progettato in modo indipendente da BMKGENE, generando una matrice di espressione genica a livello cellulare e con risoluzione multilivello. Da lì, viene generato un report standard che include il controllo della qualità dei dati, l'analisi del campione interno e l'analisi intergruppo.
- Controllo della qualità dei dati:
- Output dei dati e distribuzione del punteggio di qualità
- Rilevazione genica per spot
- Copertura dei tessuti
- Analisi del campione interno:
- Ricchezza genetica
- Clustering spot, inclusa l'analisi delle dimensioni ridotte
- Analisi dell'espressione differenziale tra cluster: identificazione di geni marcatori
- Annotazione funzionale e arricchimento di geni marcatori
- Analisi intergruppo
- Ricombinazione degli spot di entrambi i campioni (ad es. malato e controllo) e ri-cluster
- Identificazione dei geni marcatori per ciascun cluster
- Annotazione funzionale e arricchimento di geni marcatori
- Espressione differenziale dello stesso cluster tra gruppi
Inoltre, "BSTViewer" sviluppato da BMKGene è uno strumento intuitivo che consente all'utente di visualizzare l'espressione genica e individuare il clustering a diverse risoluzioni.
BMKGene offre servizi di profilazione spaziale con una precisa risoluzione a cella singola (basata su bin di celle o bin quadrati multilivello da 100um a 3,5um).
I dati di profilazione spaziale delle sezioni di tessuto sul vetrino S3000 hanno funzionato bene come indicato di seguito.
Caso studio 1: Cervello di topo
L'analisi di una sezione del cervello di topo con S3000 ha portato all'identificazione di circa 94.000 cellule, con un sequenziamento mediano di circa 2.000 geni per cellula. La risoluzione migliorata di 3,5 uM ha prodotto un raggruppamento molto dettagliato delle cellule in base a modelli trascrizionali, con i cluster di cellule che imitano le strutture differenziate del cervello. Ciò può essere facilmente osservato visualizzando la distribuzione delle cellule raggruppate come oligodendrociti e cellule microgliali, che si trovano quasi esclusivamente nella sostanza grigia e bianca, rispettivamente.
Caso studio 2: embrione di topo
L'analisi di una sezione di embrione di topo con S3000 ha portato all'identificazione di circa 2.200.000 cellule, con un sequenziamento mediano di circa 1.600 geni per cellula. La risoluzione migliorata di 3,5 uM ha prodotto un clustering molto dettagliato delle cellule in base ai modelli trascrizionali, con 12 cluster nell'area dell'occhio e 28 cluster nell'area del cervello.
Analisi del campione interno Clustering delle cellule:
Identificazione dei geni marcatori e distribuzione spaziale:
- risoluzione subcellulare più elevata: rispetto al vetrino S1000, ciascuna area di acquisizione di S3000 conteneva >4 milioni di spot spaziali con codice a barre con un diametro di 2,5 µm e una distanza di 3,5 µm tra i centri degli spot, consentendo l'analisi del trascrittoma spaziale con una risoluzione subcellulare più elevata (contenitore quadrato: 3,5 µm).
- Maggiore efficienza di cattura: rispetto alla diapositiva S1000, aumento di Median_UMI dal 30% al 70%, aumento di Median_Gene dal 30% al 60%
Schema del chip S1000:
Schema del chip S3000:
