Assemblaggio del genoma batterico de novo
Forniamo un servizio di assemblaggio del genoma batterico completo, garantendo 0 lacune. Ciò è possibile integrando le tecnologie di sequenziamento a lettura lunga, come nanopori e pacbio per l'assemblaggio e il sequenziamento a lettura corta con Illumina per la convalida dell'assembly e la correzione degli errori delle letture ONT. Il nostro servizio fornisce il flusso di lavoro bioinformatico completo dall'assemblaggio, dall'annotazione funzionale e dall'analisi bioinformatica avanzata, raggiungendo specifici obiettivi di ricerca. Questo servizio consente lo sviluppo di genomi di riferimento precisi per vari studi genetici e genomici. Inoltre, costituisce la base per applicazioni come l'ottimizzazione della deformazione, l'ingegneria genetica e lo sviluppo della tecnologia microbica, garantendo dati genomici affidabili e privi di gap cruciali per far avanzare approfondimenti scientifici e innovazione biotecnologica.
Caratteristiche del servizio
● Con due possibili opzioni tra cui scegliere a seconda del grado desiderato di completezza del genoma.
● Draft Genome Option: sequenziamento a lettura corta con Illumina Novaseq PE150.
● Completare 0 Gap Genome.
● Sequenziamento a lettura a lungo su Nanopore Prometion 48 o PacBio revio per l'assemblaggio del genoma.
● Sequenziamento a lettura corta su Illumina novaseq per validazione del genoma e correzione degli errori (nanopore) o per generare un progetto di genoma.
Vantaggi del servizio
●Genoma zero-gap garantito: Ciò è dovuto all'integrazione del sequenziamento Illumina con sequenziamento a lungo lettura (nanopore o pacbio).
●Flusso di lavoro bioinformatico completo:Ciò include l'assemblaggio del genoma e la previsione di più elementi genomici, annotazione del gene funzionale e visualizzazioni del genoma come il diagramma dei cirri.
●Vasta competenza: Con oltre 20.000 genomi microbici assemblati, BMKGENE porta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi e un eccellente supporto post-vendita.
●Supporto post-vendita:Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi. Durante questo periodo, offriamo un follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per affrontare eventuali domande relative ai risultati.
●Strategie di sequenziamento multipli disponibili:Per diversi obiettivi di ricerca e requisiti di completezza del genoma.
Specifiche del servizio
| Servizio | Strategia di sequenziamento |
| Progetto del genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + illumina pe150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (opzionale) |
Requisiti del campione:
| Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Batteri: ≥3,5x1010 cellule
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
● Controllo della qualità dei dati di sequenziamento
● Assemblaggio del genoma
● Analisi dei componenti del genoma: previsione di CD e elementi genomici multipli
● Annotazione funzionale con più database generali (GO, KEGG, ecc.) E database avanzati (scheda, VFDB, ecc.)
● Visualizzazione del genoma
Forniamo il genoma in un formato FASTA facilmente accessibile e il file di annotazione del genoma (GFF).
Gene Annotation - Go
Annotazione genetica - Carboidrati Cazy
Visualizzazione del genoma - Trama Circos
Esplora i progressi facilitati dai servizi di assemblaggio del genoma batterico di BMKGENE attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Dai, W. et al. (2023) "Scoperta di Bacteroides uniformis F18-22 come batterio probiotico sicuro e nuovo per il trattamento della colite ulcerosa dal colon umano sano",International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), p. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et al. (2021) "Isolati di proteus mirabilis resistenti multidrug che trasportano Blaoxa-1 e Blandm-1 dalla fauna selvatica in Cina: aumento del rischio di salute pubblica",Zoologia integrativa, 16 (6), pagg. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) "Sequenza del genoma completa di endofita Bacillus flexus KLBMP 4941 rivela il suo meccanismo di promozione della crescita delle piante e le basi genetiche per la tolleranza al sale",Journal of Biotechnology, 260, pagg. 38–41. doi: 10.1016/j.jBiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "I plasmidi di resistenza a replicon multipla di klebsiella mediano un'ampia diffusione di geni antimicrobici",Frontiers in microbiologia, 12, p. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
