Sequenziamento Amplicon (16S/18S/ITS)

Il sequenziamento Amplicon (16S/18S/ITS) con Illumina è un metodo per analizzare la diversità microbica identificando i profili microbici in base alle loro sequenze e quindi tentando di decifrare la ricchezza e la diversità della comunità all'interno di ciascun campione e tra i campioni. La pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) consente l'analisi di 16s, 18s, ITS e più geni funzionali. Si inizia con il taglio delle letture, l'assemblaggio delle letture in coppia e la valutazione della qualità, seguita da un clustering di letture simili per generare unità tassonomiche operative (OTU) utilizzate in sei diverse sezioni di analisi. L'annotazione tassonomica fornisce informazioni sull'abbondanza relativa e sulla composizione di ciascun campione, mentre le analisi di diversità alfa e beta si concentrano sulla diversità microbica all'interno e tra i campioni, rispettivamente. L'analisi differenziale tra i gruppi trova OTU che differiscono usando test sia parametrici che non parametrici, mentre l'analisi di correlazione mette in relazione queste differenze con i fattori ambientali. Infine, l'abbondanza del gene funzionale è prevista in base all'abbondanza del gene marker, fornendo informazioni sulla funzione e sull'ecologia in ciascun campione.