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Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-PacBio

I geni rRNA 16S e 18S, insieme alla regione ITS (Internal Transcript Spacer), fungono da marcatori molecolari fondamentali per l'impronta digitale grazie alla loro combinazione di regioni altamente conservate e ipervariabili, che li rendono strumenti preziosi per caratterizzare gli organismi procarioti ed eucariotici. L'amplificazione e il sequenziamento di queste regioni offrono un approccio privo di isolamento per studiare la composizione microbica e la diversità nei vari ecosistemi. Mentre il sequenziamento Illumina tipicamente prende di mira regioni ipervariabili brevi come V3-V4 di 16S e ITS1, è stato dimostrato che un'annotazione tassonomica superiore è ottenibile sequenziando l'intera lunghezza di 16S, 18S e ITS. Questo approccio globale si traduce in percentuali più elevate di sequenze accuratamente classificate, raggiungendo un livello di risoluzione che si estende all'identificazione delle specie. La piattaforma di sequenziamento Single-Molecule Real-Time (SMRT) di PacBio si distingue fornendo letture lunghe (HiFi) altamente accurate che coprono gli ampliconi a lunghezza intera, rivaleggiando con la precisione del sequenziamento Illumina. Questa capacità consente ai ricercatori di ottenere un vantaggio senza pari: una visione panoramica del panorama genetico. La copertura estesa aumenta significativamente la risoluzione nell’annotazione delle specie, in particolare all’interno delle comunità batteriche o fungine, consentendo una comprensione più profonda delle complessità delle popolazioni microbiche.

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Dettagli del servizio

Bioinformatica

Risultati dimostrativi

Pubblicazioni in evidenza

Caratteristiche del servizio

● Piattaforma di sequenziamento: PacBio Revio

● Modalità sequenziale: CCS (letture HiFi)

● Amplificazione della regione target seguita dal collegamento in tandem degli ampliconi prima della preparazione della libreria di campanelli HiFi SMRT

Vantaggi del servizio

●Risoluzione tassonomica più elevata: Than il sequenziamento di ampliconi brevi,consentendo tassi di classificazione OTU più elevati a livello di specie.

●Chiamate delle basi estremamente precise: Sequenziamento in modalità PacBio CCS (letture HiFi).

●Senza isolamento: Identificazione rapida della composizione microbica in campioni ambientali.

●Ampiamente applicabile: Diversi studi sulla comunità microbica.

●Analisi bioinformatica completa: L'ultimo pacchetto QIIME2 (approfondimento quantitativo sull'ecologia microbica) con diverse analisi in termini di database, annotazione, OTU/ASV.

●Ampia competenza: Con migliaia di progetti di sequenziamento di ampliconi condotti ogni anno, BMKGENE vanta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi ed eccellente supporto post-vendita.

Specifiche del servizio

Biblioteca	Strategia di sequenziamento	Dati consigliati
Amplicone	PacBio Revio	10/30/50.000 tag (CCS)

Requisiti del campione

Concentrazione (ng/μL)	Quantità totale (μg)	Volume (μl)
≥5	≥0,3	≥20

Consegna del campione consigliata

Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine. È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.

Flusso di lavoro del servizio

Consegna del campione

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Analisi dei dati

Servizi post-vendita

Precedente: Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS

Prossimo: Saggio per la cromatina accessibile alla trasposasi con sequenziamento ad alta produttività (ATAC-seq)

Include la seguente analisi:

●Controllo della qualità dei dati grezzi

●Clustering OTU/De-rumore (ASV)

●Annotazione OTU

●Analisi della diversità alfa: indici multipli, tra cui Shannon, Simpson e ACE.

●Analisi della diversità beta

●Analisi intergruppo

●Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità dell'OUT

●Previsione del gene funzionale 16S

Istogramma della distribuzione tassonomica

Albero filogenetico della distribuzione comunitaria

Analisi della diversità alfa: ACE

indice

Analisi della diversità beta: PCoA

Analisi intergruppo: ANOVA

Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento degli ampliconi di BMKGene con PacBio attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.

Gao, X. e Wang, H. (2023) "Analisi comparativa dei profili e delle funzioni batteriche del rumine durante l'adattamento a diverse fenologie (Regreen vs. Grassy) in Alpine Merino Sheep with Two Growing Stages on an Alpine Meadow", Fermentazione, 9( 1), pag. 16. doi: 10.3390/FERMENTAZIONE9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) "Catturare la materia oscura microbica nei terreni desertici utilizzando metagenomica basata sulla culturomica e analisi ad alta risoluzione", npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) "Effetti dei sali di acidi grassi sulle caratteristiche di fermentazione, diversità batterica e stabilità aerobica dell'insilato misto preparato con erba medica, paglia di riso e crusca di frumento", Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) "L'interazione tra biomarcatori dello stress ossidativo e microbiota intestinale negli effetti antiossidanti degli estratti di Sonchus brachyotus DC". in Stress ossidativo intestinale indotto da ossazolone nel pesce zebra adulto', Antiossidanti 2023, vol. 12, pagina 192, 12(1), pag. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.